bsub

Submissor e monitor do cluster LSF

Ele envia comandos R Code/R Scripts/Shell para o cluster LSF sem sair de R.

Instalar

Diretamente de Cran:

install.packages( " bsub " )

Ou do github:

 if ( ! requireNamespace( " devtools " , quietly = TRUE ))
    install.packages( " devtools " )
devtools :: install_github( " jokergoo/bsub " )

Documentação

A documentação on -line está disponível em https://jokergoo.github.io/bsub/.

Enviar empregos

Envie diretamente R Chunk:

library( bsub )

# R code
bsub_chunk( name = " example " , memory = 10 , hours = 10 , cores = 4 , 
{
    fit = NMF :: nmf( ... )
    # you better save `fit` into a permanent file
    saveRDS( fit , file = " /path/of/fit.rds " )
})

Envie um script R:

 # R script
bsub_script( name = " example " ,
    script = " /path/of/foo.R " , ... )

Envie comandos do shell:

 # shell commands
bsub_cmd( name = " example " ,
    cmd = " samtools view ... " , ... )

Mate empregos:

bkill( job_id )

Dependências do trabalho

 job1 = bsub_chunk( ... )
job2 = bsub_chunk( ... )
bsub_chunk( ... , dependency = c( job1 , job2 ))

Ver informações do trabalho

Ver resumos de emprego:

 bjobs
brecent
bjobs_running
bjobs_pending
bjobs_done
bjobs_exit

Um exemplo das consultas do trabalho é o seguinte:

Ver o log de empregos:

job_log( job_id )

Monitor de trabalho interativo

monitor()

A tabela de resumo do trabalho:

Registro de empregos:

Diagrama de dependência do trabalho:

Licença

Mit @ zuguang gu