transmart core api

A API do Core Transmart é uma biblioteca com interfaces Groovy que definem as interações e chamadas entre os vários componentes da transmarração.

API de dados clínicos

Ferramenta de consulta baseada em I2B2

Para facilitar as comunicações com os recursos de dados clínicos do tipo I2B2 e I2B2, são definidas duas APIs que seguem a filosofia de design por trás do i2B2 e se assemelham ao gerenciamento de ontologia i2B2 (ONT) e repositório de dados (CRC).

API de ontologia de dados clínicos

É definido um conceito de origem que pode ser implementado por fontes de dados clínicos para expor árvores de ontologia com conceitos. Consulte a documentação de mensagens I2B2 ONT para obter mais informações básicas. Apenas algumas chamadas são definidas, as que são usadas na base de código Legacy Transmart.

API de consulta de dados clínicos

É definido uma consultoria que pode ser definida, que pode ser exposta por fontes de dados clínicos como um meio de consultar dados clínicos. Este recurso expõe métodos para executar consultas e recuperar os resultados da consulta. A API é modelada após a API da mensagem de consulta CRC I2B2.

API de dados de alta dimensão

API de consulta de alta dimensão

É definido um DataQueryResource, que pode ser exposto por fontes de dados de alta dimensão para permitir a consulta de dados de alta dimensão. É definido um Geral DataQueryResult, que pode ser estendido para tipos de dados específicos. Por enquanto, todos os tipos de dados OMICS (dentro de pacotes específicos), bem como possíveis consultas são definidas dentro do projeto da API do núcleo. Para modelar restrições gerais de consulta (por exemplo, assuntos ou pontos de tempo), é definida uma classe CommonhighDimensionalQueryCeryConstrans, que pode ser incorporada em classes de restrição específicas.