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Brainways

O que é o Brainways?

O Brainways é uma ferramenta baseada em IA para registro automatizado, quantificação e geração de redes de atividades em todo o cérebro com base na fluorescência em fatias coronais.

Brainways Ui

Por que Brainways?

O registro de fatia coronal, quantificação de células e análise de contraste de cérebro inteiro entre condições experimentais devem ser facilmente acessíveis a partir de um único software, sem exigir experiência de programação. A personalização deve ser facilitada por ter um back -end pitônico altamente flexível.

Começando

Para instalar e executar o Brainways, execute o seguinte em seu ambiente Python:

pip install brainways
brainways ui

Siga nosso guia de início para obter mais detalhes.

Como funciona

O Brainways permite que os usuários se registrem, quantifique e forneçam análise estatística de contraste seguindo várias etapas simples:

Registro rígido de fatias coronais em um atlas 3D.
Registro não rígido de fatias coronais em um atlas 3D, para explicar a diferença e as imperfeições individuais no procedimento de aquisição.
Detecção de células (usando estrelista).
Quantificação da contagem de células por região do cérebro.
Análise Estatística:
- Análise de contraste da ANOVA.
- Análise de PLS (Minamento Parcial).
- Criação de gráficos de rede.

Arquitetura

O Brainways é implementado como três módulos. brainways.ui contém a implementação da GUI como um plug -in Napari. brainways.ui está usando brainways como back -end. Toda a funcionalidade é implementada no pacote Brainways. Essa separação foi feita para garantir que o Brainways seja um software GUI-Agnóstico e pode ser totalmente acessado e manipulado através do código Python para permitir cenários de uso complexos personalizados. O código que foi usado para treinar, avaliar e executar o modelo de registro automático reside no brainways-reg-model .

Status de desenvolvimento

O Brainways está sendo desenvolvido ativamente por Ben Kantor, do Bartal Lab, Universidade de Tel Aviv, Israel. Nossos lançamentos podem ser encontrados aqui.

Citação

Se você usa o Brainways, cite Kantor e Bartal (2023):

 @article{kantor2023brainways,
  title={Brainways: An Open-Source AI-based Software For Registration and Analysis of Fluorescent   Markers on Coronal Brain Slices},
  author={Kantor, Ben and Ben-Ami Bartal, Inbal},
  journal={bioRxiv},
  pages={2023--05},
  year={2023},
  publisher={Cold Spring Harbor Laboratory}
}