O iPhone 6 roda o sistema iOS 8, enquanto o Apple 6s está equipado com o sistema iOS 9. Comparado com o iOS 8, o iOS 9 melhorou em termos de otimização de desempenho, melhoria de segurança e novos recursos. Por exemplo, o iOS 9 apresenta novos recursos, como aprimoramento de pesquisa em destaque, aplicativo de notícias e modo de baixo consumo de energia.
Devido ao uso do chip A9 no Apple 6s, a velocidade de processamento foi significativamente melhorada em comparação com o chip A8 do Apple 6, tornando-o mais suave ao executar grandes aplicativos ou jogos. Ao mesmo tempo, o Apple 6s oferece suporte a recursos de aplicativos mais modernos, como funções de toque 3D, que oferecem aos usuários métodos mais interativos e opções de operação rápida.
Embora as câmeras traseiras do iPhone 6 e do iPhone 6s tenham 12 milhões de pixels, o Apple 6s foi atualizado em termos de qualidade de gravação de vídeo, desempenho em ambientes com pouca luz e algoritmos de processamento de imagem. O iPhone 6s suporta gravação de vídeo 4k, enquanto o iPhone 6 é limitado a vídeo HD 1080p. Além disso, a função de fotos ao vivo do Apple 6s também aumenta a diversão e a interatividade das fotos.
Embora o Apple 6s tenha sido atualizado em termos de hardware, a capacidade da bateria não foi significativamente aumentada devido a um processador mais potente e tela de maior resolução. Portanto, no uso diário, a duração da bateria do Apple 6s pode ser ligeiramente inferior à do Apple 6. No entanto, o Apple 6s suporta tecnologia de carregamento mais rápido, o que pode reduzir o tempo de espera para carregamento.
O Apple 6s também foi aprimorado em termos de segurança, como a adição da função de reconhecimento de impressão digital Touch ID (se o dispositivo estiver equipado com esta função). O Apple 6 também suporta Touch ID, mas em termos de alguns recursos de segurança e tecnologias de criptografia mais recentes, o Apple 6s tem certas vantagens.