nextflow

«Переменные потока данных чрезвычайно выразительны в параллельном программировании»

Анри Э. Баль, Дженнифер Г. Штайнер, Эндрю С. Таненбаум

Nextflow — это система рабочих процессов для создания масштабируемых, переносимых и воспроизводимых рабочих процессов. Он основан на модели программирования потоков данных, которая значительно упрощает написание параллельных и распределенных конвейеров, позволяя сосредоточиться на потоке данных и вычислениях. Nextflow может развертывать рабочие процессы на различных платформах выполнения, включая локальный компьютер, планировщики HPC, AWS Batch, Azure Batch, Google Cloud Batch и Kubernetes. Кроме того, он поддерживает множество способов управления зависимостями вашего программного обеспечения, включая Conda, Spack, Docker, Podman, Singularity и другие.

Быстрый старт

Установите Nextflow с помощью одной команды:

 локон -fsSL https://get.nextflow.io | бить

Он создает исполняемый файл nextflow в текущем каталоге. Затем вы можете переместить его в каталог в $PATH чтобы запускать его откуда угодно.

Nextflow также можно установить из Bioconda:

 установка conda -c bioconda nextflow

Документация

Документация Nextflow доступна для последних стабильных и пограничных выпусков.

Сообщество

Вы можете задавать вопросы и получать помощь на форуме сообщества Nextflow или в Slack Nextflow. Об ошибках и запросах функций следует сообщать как о проблемах GitHub.

Сообщество Nextflow очень активно: проводятся регулярные встречи, мероприятия, подкасты и многое другое. Большую часть этих материалов можно просмотреть на каналах YouTube Nextflow и nf-core.

Проект nf-core — это работа сообщества, объединяющая высококачественные рабочие процессы Nextflow, которые может использовать каждый.

Содействие

Вклад более чем приветствуется. Подробности смотрите в файле CONTRIBUTING.

Лицензия

Nextflow выпускается под лицензией Apache 2.0. Nextflow является зарегистрированной торговой маркой.

Цитаты

Если вы используете Nextflow в своей работе, укажите:

П. Ди Томмазо и др. Nextflow обеспечивает воспроизводимые вычислительные рабочие процессы. Nature Biotechnology 35, 316–319 (2017) doi:10.1038/nbt.3820

Кредиты

Nextflow основан на двух *отличных* проектах программного обеспечения с открытым исходным кодом: Groovy и GPars.

YourKit любезно поддерживает Nextflow с помощью полнофункционального Java Profiler.