Сириус
SIRIUS
Наши методы предлагаются научному сообществу в качестве свободно доступных ресурсов. (Повторное)распространение методов полностью или частично в коммерческих целях запрещено. Веб-сервисы SIRIUS (CSI:FingerID, CANOPUS, MSNovelist и другие), размещенные группой Böcker, предназначены только для академических исследований и образования. Для получения подробной информации ознакомьтесь с условиями обслуживания академической версии. Для неакадемических пользователей Bright Giant GmbH предоставляет лицензии и все сопутствующие услуги. Мы просим пользователей наших инструментов цитировать соответствующие статьи во всех полученных публикациях.
SIRIUS — это программная платформа на основе Java для анализа данных ЖХ-МС/МС метаболитов и других «малых молекул, представляющих биологический интерес». SIRIUS интегрирует набор наших инструментов, включая CSI:FingerID (с COSMIC), ZODIAC, CANOPUS. В частности, как графический интерфейс пользователя, так и версия SIRIUS для командной строки легко интегрируют веб-службы CSI:FingerID, CANOPUS и MSNovelist.
Основными разработчиками SIRIUS являются группа Böcker и Bright Giant GmbH.
Интернет-документация
Видеоуроки
Глава книги по использованию SIRIUS 4 (препринт) — не рассматривается новая опция обработки LC-MS/MS.
Демонстрационные данные
Логотипы для публикаций и презентаций
для Windows (64бит): msi/zip
для Mac (64бит): pkg/zip
для Linux (64 бит): zip
Все (включая предыдущие) выпуски можно найти здесь.
Для Windows и MacOS предпочтительнее использовать установочную версию SIRIUS (msi/pkg), но могут потребоваться права администратора.
Поскольку мы не платим Microsoft/Apple за сертификацию, вам, возможно, придется подтвердить, что вы хотите доверять «программному обеспечению из неизвестного источника» в Windows/MacOS при использовании установщиков, предоставленных группой Böcker. Поэтому мы настоятельно рекомендуем использовать подписанные установщики, предоставленные Bright Giant (ссылки на которые также приведены выше). Эти установщики упрощают процесс установки, не вызывая (или меньше) проблем безопасности соответствующей ОС.
Подробности смотрите в документации.
Учетные записи пользователей можно создавать непосредственно через графический интерфейс SIRIUS. Пожалуйста, используйте свой институциональный адрес электронной почты . Веб-сервисы SIRIUS бесплатны для академического/некоммерческого использования. Обычно академические учреждения идентифицируются по домену электронной почты, и доступ предоставляется автоматически. В некоторых случаях может потребоваться дополнительная проверка вашей академической/некоммерческой деятельности. См. также Документацию SIRIUS — Учетная запись и лицензия.
СИРИУС
SIRIUS-API Java SDK
SDK SIRIUS-API
Чтобы получать новости, помогать или задавать вопросы, присоединяйтесь к нашему сообществу Gitter #sirius-ms:gitter.im .
Для отчетов об ошибках или запросов на добавление функций используйте вопросы на нашем GitHub. Или проверьте документацию для получения дополнительной информации по этой теме.
Деревья и спектры фрагментации можно напрямую загрузить из SIRIUS в веб-сервисы CSI:FingerID, CANOPUS и MSNovelist. Результаты извлекаются из веб-службы и могут отображаться в графическом интерфейсе пользователя SIRIUS. Эта функция также доступна для инструмента командной строки SIRIUS. Структуры обучения для предикторов CSI:FingerID доступны через веб-API CSI:FingerID:
https://www.csi-fingerid.uni-jena.de/v3.0/api/fingerid/trainingstructures?predictor=1 (структуры обучения для режима положительных ионов)
https://www.csi-fingerid.uni-jena.de/v3.0/api/fingerid/trainingstructures?predictor=2 (структуры обучения для режима отрицательных ионов)
Ручная интерпретация тандемных масс-спектров трудоемка и нетривиальна. SIRIUS анализирует структуру фрагментации, в результате чего создается гипотетическое дерево фрагментации, узлы которого аннотированы молекулярными формулами фрагментов, а дуги (ребра) представляют события фрагментации (потери). SIRIUS позволяет автоматически и с высокой производительностью анализировать данные МС небольших соединений, выходящие за рамки элементного состава, без необходимости использования структур соединений или базы данных масс-спектров.
SIRIUS выводит молекулярные формулы небольших соединений путем ранжирования изотопных структур на основе масс-спектров высокого разрешения. После предварительной обработки на выходе масс-спектрометра появляется список пиков, который соответствует массам молекул образца и их содержанию. В принципе, элементный состав малых молекул можно определить, используя только точные массы. Однако даже при очень высокой точности определения массы многие формулы получаются в областях с более высокими массами. Масс-спектрометрия высокого разрешения позволяет нам определить изотопную структуру молекулы образца с исключительной точностью и применить эту информацию для определения элементного состава молекулы образца. SIRIUS можно загрузить либо в виде графического пользовательского интерфейса (см. Sirius GUI), либо в виде инструмента командной строки.
Кай Дюркоп, Маркус Фляйшауэр, Маркус Людвиг, Александр А. Аксенов, Алексей В. Мельник, Марвин Мейзель, Питер К. Доррестейн, Юхо Роусу и Себастьян Бёкер. СИРИУС 4: Превращение тандемных масс-спектров в информацию о структуре метаболитов. Nature Methods 16, 299–302, 2019.
Майкл А. Стравс и Кай Дюркоп, Себастьян Беккер и Никола Замбони. MSNovelist: Генерация структур de novo на основе масс-спектров. Nature Methods 19, 865–870, 2022. (Если вы используете, цитируйте: MSNovelist)
Мартин А. Хоффманн, Луи-Феликс Нотиас, Маркус Людвиг, Маркус Флейшауэр, Эмили К. Джентри, Майкл Виттинг, Питер К. Доррестейн, Кай Дюркоп и Себастьян Бёкер. Структурная аннотация метаболитов с высокой достоверностью отсутствует в спектральных библиотеках. Nature Biotechnology 40, 411–421, 2022. (Если вы используете, укажите: CSI:FingerID , COSMIC )
Кай Дюркоп, Луи-Феликс Нотиас, Маркус Флейшауэр, Рафаэль Реер, Маркус Людвиг, Мартин А. Хоффманн, Даниэль Петрас, Уильям Х. Гервик, Юхо Роусу, Питер К. Доррестейн и Себастьян Беккер. Систематическая классификация неизвестных метаболитов с использованием фрагментационных масс-спектров высокого разрешения. Nature Biotechnology , 2020. (Указывайте, если используете CANOPUS )
Янник Джумбу Феунанг, Роман Эйснер, Крейг Нокс, Леонид Чепелев, Жанна Гастингс, Гарет Оуэн, Оуэн Фэйи, Кристоф Стейнбек, Шанкар Субраманян, Эван Болтон, Рассел Грейнер, Дэвид С. Уишарт. ClassyFire: автоматизированная химическая классификация с комплексной, вычислимой таксономией. Journal of Cheminformatics 8, 61, 2016. (Публикация ClassyFire ; укажите это, если вы используете CANOPUS )
Маркус Людвиг, Луи-Феликс Нотиас, Кай Дюркоп, Ирина Кёстер, Маркус Флейшауэр, Мартин А. Хоффманн, Даниэль Петрас, Фернандо Варгас, Мустафа Морси, Лихини Алувихаре, Питер К. Доррестейн, Себастьян Бёккер. Независимая от базы данных аннотация молекулярных формул с использованием выборки Гиббса через ZODIAC. Nature Machine Intelligence 2, 629–641, 2020. (Укажите, если вы используете ZODIAC )
Кай Дюркоп и Себастьян Бёккер. Перезагружены деревья фрагментации. Журнал Cheminformatics 8, 5, 2016. (Ссылайтесь на это для анализа шаблонов фрагментации и расчета дерева фрагментации )
Кай Дюркоп, Хуйбин Шен, Марвин Мейзель, Юхо Роусу и Себастьян Бёккер. Поиск в базах данных молекулярных структур с тандемными масс-спектрами с использованием CSI:FingerID. Proceedings of the National Academy of Sciences USA 112(41), 12580-12585, 2015. (указывайте это при использовании CSI:FingerID )
Себастьян Бёккер, Матиас К. Летцель, Жужанна Липтак и Антон Первухин. СИРИУС: разложение изотопов для идентификации метаболитов. Bioinformatics 25(2), 218-224, 2009. (Для анализа изотопной структуры процитируйте это)
Шипей Син, Сэм Шен, Банхуа Сюй, Сяосяо Ли и Тао Хуан. BUDDY: открытие молекулярной формулы с помощью восходящего опроса MS/MS. Nature Methods 20, 881–890, 2023. (Указывайте, если вы используете: Генерацию молекулярных формул «снизу вверх»).
Маркус Людвиг, Кай Дюркоп, Себастьян и Бёккер. Байесовские сети для масс-спектрометрической идентификации метаболитов по молекулярным отпечаткам пальцев. Биоинформатика , 34(13): i333-i340. 2018. Учеб. интеллектуальных систем молекулярной биологии (ISMB 2018). (Цитата для оценки CSI: FingerID)
В. Тимоти Дж. Уайт, Стефан Бейер, Кай Дюркоп, Маркус Чимани и Себастьян Бёккер. Скоростные красочные поддеревья. В Proc. конференции по вычислительной технике и комбинаторике (COCOON 2015) , том 9198, Lect Notes Comput Sci , страницы 310–322. Спрингер, Берлин, 2015 г. (приведите здесь информацию о том, почему вычисления выполняются быстро даже на портативном компьютере)
Хуйбинь Шен, Кай Дюркоп, Себастьян Бёккер и Юхо Роусу. Идентификация метаболитов посредством множественного обучения ядер на деревьях фрагментации. Биоинформатика , 30(12):и157-и164, 2014. Учеб. интеллектуальных систем молекулярной биологии (ISMB 2014). (Описывает механизм CSI:FingerID )
Имран Рауф, Флориан Раше, Франсуа Николя и Себастьян Бёккер. Нахождение максимального количества красочных поддеревьев на практике. J Comput Biol , 20(4):1-11, 2013. (Подробнее, более ранняя работа о том, почему вычисления сегодня выполняются быстро )
Хейнонен, М.; Шен, Х.; Замбони, Н.; Роусу, Дж. Идентификация метаболитов и прогнозирование молекулярных отпечатков пальцев с помощью машинного обучения. Биоинформатика , 2012. Том. 28, № 18, стр. 2333-2341. (Представляет идею прогнозирования молекулярных отпечатков пальцев на основе тандемных данных МС)
Флориан Раше, Алеш Сватош, Рави Кумар Маддула, Кристоф Бетчер и Себастьян Бёккер. Вычисление деревьев фрагментации по данным тандемной масс-спектрометрии. Аналитическая химия (2011) 83 (4): 1243–1251. (Ссылайтесь на это, чтобы представить деревья фрагментации , используемые SIRIUS)
Себастьян Бёккер и Флориан Раше. На пути к идентификации метаболитов de novo путем анализа тандемных масс-спектров. Биоинформатика (2008) 24 (16): i49-i55. (Самая первая статья, в которой упоминаются деревья фрагментации , используемые SIRIUS)
Начиная с версии 4.4.27, SIRIUS распространяется по лицензии GNU Affero General Public License (GPL). Если вы интегрируете SIRIUS в другое программное обеспечение, мы настоятельно рекомендуем вам сделать использование SIRIUS, а также цитируемой литературы прозрачными для пользователя.
