бактопия
3.1.0
Bactopia — это гибкий конвейер для полного анализа бактериальных геномов. Цель Bactopia — обработать ваши данные с помощью широкого набора инструментов, чтобы вы могли быстрее приступить к интересной части анализа!
Bactopia можно разделить на две основные части: конвейер анализа Bactopia и инструменты Bactopia.
Конвейер анализа Bactopia — это основной рабочий процесс для каждого изолята в Bactopia. Созданные с помощью Nextflow, входные запросы FASTQ (локальные или доступные в SRA/ENA) подвергаются многочисленным анализам, включая контроль качества, сборку, аннотации, запросы эскизов Minmer, типизацию последовательностей и многое другое.
Bactopia Tools — это набор независимых рабочих процессов для сравнительного анализа. Сравнительный анализ может включать сводные отчеты, пангеномное построение или построение филогенетического дерева. Используя предсказуемую структуру вывода Bactopia, вы можете выбирать, какие образцы включать в обработку с помощью инструмента Bactopia.
Bactopia была вдохновлена Staphopia, рабочим процессом, который мы (Тим Рид и я) выпустили и нацелен на геномы Staphylococcus aureus . Используя то, что мы узнали от Staphopia и отзывы пользователей, Bactopia была разработана с нуля с учетом удобства использования, портативности и скорости с самого начала.
Быстрый старт
mamba create -y -n bactopia -c conda-forge -c bioconda bactopia
conda activate bactopia
bactopia datasets
# Paired-end
bactopia --R1 R1.fastq.gz --R2 R2.fastq.gz --sample SAMPLE_NAME
--datasets datasets/ --outdir OUTDIR
# Single-End
bactopia --SE SAMPLE.fastq.gz --sample SAMPLE --datasets datasets/ --outdir OUTDIR
# Multiple Samples
bactopia prepare MY-FASTQS/ > fastqs.txt
bactopia --fastqs fastqs.txt --datasets datasets --outdir OUTDIR
# Single ENA/SRA Experiment
bactopia --accession SRX000000 --datasets datasets --outdir OUTDIR
# Multiple ENA/SRA Experiments
bactopia search "staphylococcus aureus" > accessions.txt
bactopia --accessions accessions.txt --dataset datasets --outdir ${OUTDIR}В рабочий процесс Bactopia встроено множество инструментов. Как вы можете себе представить, все эти инструменты приводят к многочисленным зависимостям, и навигация по зависимостям часто может превратиться в очень утомительный процесс. Учитывая это, с самого начала Bactopia разрабатывалась так, чтобы включать только программы, которые можно установить с помощью Conda.
Conda — это система управления пакетами с открытым исходным кодом и система управления средой, работающая в Windows, macOS и Linux. Другими словами, установка необходимых инструментов становится очень простой! Официальная документация Conda — хорошая отправная точка для начала работы с Conda. Bactopia была протестирована с использованием установщика Miniforge, но установщик Anaconda должен работать так же.
После того, как вы настроили Conda, вы готовы создать среду для Bactopia.
# Recommended mamba create -n bactopia -c conda-forge -c bioconda bactopia # or with standard conda conda create -n bactopia -c conda-forge -c bioconda bactopia
Через несколько минут у вас появится новая среда конды с соответствующим названием bactopia . Чтобы активировать эту среду, вы можете использовать следующую команду:
conda activate bactopia
И вуаля, все готово, чтобы приступить к обработке ваших данных!
Если вы использовали Bactopia в своей работе, обязательно укажите любые наборы данных или инструменты, которые вы, возможно, использовали. Доступен список каждого набора данных/инструментов, используемых Bactopia.
Если цитату необходимо обновить, пожалуйста, дайте мне знать!
Бактопия действительно представляет собой случай «стояния на плечах гигантов» . Почти каждый компонент Bactopia был создан другими и предоставлен в свободный доступ публике.
Я хотел бы лично выразить огромную благодарность и признательность авторам этих программных пакетов и общедоступных наборов данных. Если ты зашёл так далеко, я должен тебе пиво? (или кофе ☕!), если мы когда-нибудь встретимся лично. Действительно, большое спасибо!
Если Bactopia не соответствует вашим потребностям, вы можете попробовать несколько альтернатив. Лично я ими не пользовался, но вы можете найти их под свои нужды! Если у вас возникли проблемы при использовании Bactopia, свяжитесь с нами!
АКВАМИС
Денеке С, Брендебах Х, Уэльце Л, Боровяк М, Малорни Б, Тауш Ш. Видоспецифичный контроль качества, сборка и обнаружение загрязнений в последовательностях микробных изолятов с помощью AQUAMIS. Гены . 2021;12. дои: 10.3390/genes12050644
АСА³П
Швенгерс О., Хук А., Фритценванкер М., Фальгенхауэр Л., Хайн Т., Чакраборти Т., Гёсманн А. ASA³P: автоматический и масштабируемый конвейер для сборки, аннотирования и анализа более высокого уровня близкородственных бактериальных изолятов. PLoS Comput Biol 2020;16:e1007134. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1007134.
МикроПИПЕ
Мюринье В., Робертс Л.В., Форд Б.М., Фан М.Д., Нху НТК, Ирвин А.Д., Харрис ПНА, Патерсон Д.Л., Шембри М.А., Уилли Д.М., Битсон С.А. MicroPIPE: проверка сквозного рабочего процесса для высококачественного полного конструирования бактериального генома . BMC Genomics , 22(1), 474. (2021) https://doi.org/10.1186/s12864-021-07767-z
Налларбор
Зееманн Т., Гонсалвес да Силва А., Булах Д.М., Шульц М.Б., Квонг Дж.К., Хауден Б.П. Налларбор Github https://github.com/tseemann/nullarbor
ПрокЭво
Павловик Н., Гомес-Нето Дж. К., Деогун Дж. С., Бенсон А. К. ProkEvo: автоматизированная, воспроизводимая и масштабируемая система для высокопроизводительного анализа геномики бактериальных популяций. PeerJ , e11376 (2021) https://doi.org/10.7717/peerj.11376
Общественное здравоохранение: бактериальная геномика
Либуит К., Амбросио Ф., Капсак С. Бактериальная геномика общественного здравоохранения GitHub https://github.com/theiagen/public_health_bacterial_genomics
рМАП
Ссервадда I, Мбоова Г. rMAP: трубопровод быстрого микробного анализа для данных полногеномных последовательностей бактериальной группы ESKAPE. Микробная геномика , 7 (6). (2021) https://doi.org/10.1099/mgen.0.000583
ТОРМЕС
Кихада Н.М., Родригес-Ласаро Д., Эйрос Х.М., Эрнандес М. ТОРМЕС: автоматизированный конвейер для анализа всего бактериального генома. Биоинформатика 2019;35:4207–12. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz220.
Ваш отзыв очень ценен! Если у вас возникнут какие-либо проблемы с использованием Bactopia, у вас возникнут вопросы или идеи по улучшению Bactopia, я настоятельно рекомендую вам сообщить об этом в систему отслеживания проблем.
Лицензия MIT
Petit III RA, Read TD, Bactopia: гибкий конвейер для полного анализа бактериальных геномов. mSystems . 5 (2020), https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20.
Роберт А. Пети III
Твиттер: @rpetit3
Поддержка этого проекта осуществлялась (частично) со стороны стипендии Эмори по биоинформатике общественного здравоохранения, финансируемой Программой CDC по возникающим инфекциям (U50CK000485) PPHF/ACA: Повышение эпидемиологии и лабораторного потенциала, Отделом общественного здравоохранения Вайоминга и Центром прикладной эпидемиологии патогенов и Контроль вспышек (CAPE).
