хтб
xtb
Это официальный репозиторий программного пакета xtb , разработанного группой Grimme в Бонне.
Статически связанные двоичные файлы (Intel Compiler) можно найти на странице последнего выпуска. Предоставляется версия для Linux (Intel 18.0.2, GLIBC 2.19) и Windows (Intel 2022). Программа и библиотека xtb упакованы в conda-forge для Linux (x86_64, aarch64, ppc64le) и MacOS (x86_64, Arm64). Для пользователей homebrew доступен специальный кран на grimme-lab/homebrew-qc, предоставляющий готовые двоичные файлы MacOS/x86_64, для MacOS/arm64 двоичные файлы будут скомпилированы при установке автоматически.
Новейшие выпуски (только для Linux) последнего исходного кода из этого репозитория доступны в теге непрерывного выпуска.
Этот проект поддерживает две системы сборки: meson и CMake. Здесь приведено краткое руководство по использованию каждого из них. Для получения более подробной информации следуйте инструкциям по ссылкам (руководство по мезонам, руководство по CMake).
Составители :
Использование meson в качестве системы сборки требует установки достаточно новой версии, например 0.62 или новее. Чтобы использовать серверную часть meson по умолчанию, вам необходимо установить ninja версии 1.7 или новее.
export FC=ifort CC=icc
meson setup build --buildtype release --optimization 2 -Dfortran_link_args= " -qopenmp "
ninja -C build test Важный
Компиляция с помощью meson на macOS немного отличается от протокола для систем на базе Linux. Различные библиотеки BLAS в редких случаях могут привести к отклонениям результатов — пожалуйста, следуйте следующим инструкциям.
gcc , gfortran и openblas с помощью Homebrew. Дополнительная информация о том, как настроить brew . Пример: brew install gcc gfortran openblasmeson setup для компиляции xtb в macOS. Очевидно, что в вашей системе пути к библиотекам могут отличаться. LDFLAGS= " -L/opt/homebrew/opt/openblas/lib " CPPFLAGS= " -I/opt/homebrew/opt/openblas/include " FC=gfortran-14 CC=gcc-14 meson setup _build --buildtype release -Dlapack=openblasУбедитесь, что набор тестов работает без ошибок.
Чтобы установить двоичные файлы xtb в /usr/local используйте (может потребоваться sudo )
ninja -C build installДля получения дополнительной информации о сборке с помощью meson см. инструкции здесь.
Система сборки CMake требует установки как make, так и CMake, последний должен быть версии 3.9 или новее.
Сборка xtb с помощью CMake работает с помощью следующей цепочки команд:
cmake -B build -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release
make -C build
make -C build test Чтобы установить двоичные файлы xtb в /usr/local используйте (может потребоваться sudo )
make -C build installБолее подробную информацию о сборке с помощью CMake см. в инструкциях здесь.
Установить xtb из канала conda-forge можно, добавив conda-forge в ваши каналы с помощью:
conda config --add channels conda-forge
После включения канала conda-forge xtb можно установить с помощью:
conda install xtb
Можно перечислить все версии xtb , доступные на вашей платформе, с помощью:
conda search xtb --channel conda-forge
Документация xtb размещена по адресу read-the-docs.
Пожалуйста, прочтите наши правила участия, прежде чем вносить вклад в этот проект.
Мы разрабатываем эту программу, чтобы сделать наши исследования возможными. Многие функции, которые есть у xtb сегодня, были добавлены потому, что в них была острая необходимость, и у нас было много участников, которые воплотили эти функции в жизнь:
Авторы перечислены в алфавитном порядке. Некоторые материалы предшествовали выпуску этого проекта на GitHub и не отображаются в истории коммитов репозитория. Данные участников из истории коммитов с тех пор смотрите здесь.
Общая ссылка на xtb и реализованные методы GFN:
для GFN-xTB:
для GFN-FF:
для неявной сольватации GBSA и ALPB:
для неявной сольватации ddCOSMO и CPCM-X:
для ДФТ-Д4:
для STDA-xTB:
в контексте массовой спецификации:
по метадинамике относятся:
для расчетов SPH см.:
для ONIOM см.:
Все ссылки доступны в формате bibtex.
xtb является свободным программным обеспечением: вы можете распространять его и/или изменять в соответствии с условиями Меньшей стандартной общественной лицензии GNU, опубликованной Фондом свободного программного обеспечения, либо версии 3 Лицензии, либо (по вашему выбору) любой более поздней версии.
xtb распространяется в надежде, что он будет полезен, но без каких-либо гарантий; даже без подразумеваемой гарантии коммерческой ценности или пригодности для определенной цели. Дополнительную информацию см. в GNU Lesser General Public License.
Если вы явно не указали иное, любой вклад, намеренно представленный вами для включения в xtb , как это определено в GNU Lesser General Public License, должен лицензироваться, как указано выше, без каких-либо дополнительных положений и условий.
