Эта работа находится в стадии веб-запуска с развертыванием (https://litgene.tumorai.org/).
GitHub для развертывания (https://github.com/vinash85/GENELLM_WEBAPP) можно использовать для самостоятельного развертывания веб-страницы.
Используйте страницу обратной связи на странице инструмента LitGene или свяжитесь с авторами, чтобы оставить отзыв.
Ссылка на BioArxiv: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.07.606674v1
Вот как запустить пример кода с помощью Docker.
Сборка докера:
а. Перейдите к местоположению файла Docker после git clone "cd LitGene/dependents/docker/"
б. Сборка докера «docker build. -tlitgene»
Запустите образ докера/создайте контейнер:
в. "docker run --name Litgene --gpus=all --previleged --ports 8888:8888 -vlitgene_location:/home/tailab/LitGene -ditlitgene /bin/bash"
Введите докер:
д. "docker exec -it Litgene /bin/bash"
Внутри докера перейдите к примеру растворимости кода:
е. "cd /home/tailab/LitGene/"
ф. открыть jupyter "блокнот jupyter --ports 8888 --ip 0.0.0.0 --allow-root --no-browser"
В системе, где развернут докер:
г. откройте браузер «https://localhost:8888»
час введите токен
я. запустите пример кода «solubilityEval.ipynb»
или докер в удаленной системе (необязательно):
г. открыть команду в локальной системе
час введите «ssh -NL localhost:8888:localhost:8888 usernme@server»
я. повторите шаг 5
(Если вас интересуют требования Conda, представленные в LitGene/зависимости, протестированные на Ubuntu 22 с Python 3.12 и драйвером nvidia 535.183.01 и средой выполнения cuda 12.2 на графическом процессоре A100)
Выполняется рефакторинг кода в разделе code/refactored_code. Для других файлов данных, моделей и выходных файлов. Пожалуйста, свяжитесь с [[email protected]]
