РДКит
Что это такое?
RDKit — это набор программного обеспечения для химинформатики и машинного обучения, написанного на C++ и Python.
- Лицензия BSD — удобная для бизнеса лицензия на открытый исходный код.
- Основные структуры данных и алгоритмы в C++
- Оболочка Python 3.x, созданная с использованием Boost.Python
- Оболочки Java и C#, созданные с помощью SWIG
- JavaScript (сгенерированный с помощью emscripten) и оболочки CFFI для важных функций.
- 2D и 3D молекулярные операции
- Генерация дескрипторов и отпечатков пальцев для машинного обучения
- Картридж молекулярной базы данных для PostgreSQL, поддерживающий поиск подструктур и сходств, а также множество калькуляторов дескрипторов.
- Узлы хеминформатики для KNIME
- Папка Contrib с полезным программным обеспечением, созданным сообществом и использующим возможности RDKit.
Установка и начало работы
Если вы работаете на Python и используете conda (наша рекомендация), установка очень проста:
$ conda install -c conda-forge rdkit
Затем вы можете ознакомиться с нашим руководством по началу работы с Python.
Более подробные инструкции по установке доступны в Docs/Book/Install.md.
Документация
Доступно на странице RDKit и в папке Docs на GitHub.
В блоге RDKit часто можно найти полезные советы и рекомендации.
Поддержка и сообщество
Если у вас есть вопросы, комментарии или предложения, лучшие места для них:
- Обсуждения на GitHub
- Список рассылки
Если вы обнаружили ошибку или хотите запросить новую функцию, создайте проблему.
У нас также есть группа в LinkedIn.
У нас есть ежегодное собрание группы пользователей (UGM), на котором члены сообщества делают презентации и кратко рассказывают о том, что они сделали с RDKit. Материалы с прошлых UGM, которые могут оказаться весьма полезными, также есть в сети:
- 2012 UGM, Лондон
- 2013 UGM, Хинкстон
- 2014 UGM, Дармштадт
- 2015 UGM, Цюрих
- 2016 UGM, Базель
- 2017 UGM, Берлин
- 2018 UGM, Кембридж
- 2019 UGM, Гамбург
- UGM 2020, виртуальный
- UGM 2021, виртуальный
- 2022 UGM, Берлин
- 2023 UGM, Майнц
- 2024 UGM, Цюрих
Лицензия
Код выпущен под лицензией BSD.