мышца

Muscle — широко используемое программное обеспечение для множественного выравнивания биологических последовательностей.

Muscle достигает самых высоких результатов в тестах Balibase, Bralibase и Balifam и масштабируется до тысяч последовательностей или структур на обычном настольном компьютере.

Muscle поддерживает создание ансамбля альтернативных выравниваний с такой же высокой точностью, как и при использовании параметров по умолчанию. Сравнивая последующие прогнозы, полученные на основе различных выравниваний, например деревьев, биолог может оценить надежность выводов относительно изменений выравнивания, вызванных двусмысленностями и ошибками.

Выравнивание нескольких структур

Поддерживается выравнивание структуры («Muscle-3D»), а также обычное выравнивание аминокислотных последовательностей. Входными данными для выравнивания структуры является «мега» файл, созданный командой reseek pdb2mega (https://github.com/rcedgar/reseek).

 # до ~100 структур
reseek -pdb2mega СТРУКТУРЫ -output structs.mega
Muscle -align structs.mega -output structs.afa

# до ~10 000 структур
reseek -convert STRUCTS -bca structs.bca
reseek -pdb2mega structs.bca -output structs.mega
reseek -distmx structs.bca -output structs.distmx
Muscle -super7 structs.mega -distmxin structs.distmx -reseek -output structs.afa

Загрузки и установка

Двоичные файлы являются автономными, без каких-либо зависимостей. Для установки загрузите двоичный файл и убедитесь, что установлен бит выполнения.

https://github.com/rcedgar/muscle/releases

Документация

Домашняя страница Muscle v5
Руководство

Наращивание МЫШЦ из источника

https://github.com/rcedgar/muscle/wiki/Building-MUSCLE

Ссылки

Edgar RC., Muscle5: Ансамбли высокоточного выравнивания позволяют объективно оценивать гомологию последовательностей и филогению. Nature Communications 13.1 (2022 г.): 6968.
https://www.nature.com/articles/s41467-022-34630-w.pdf

Эдгар RC. и Толстой И., Muscle-3D: масштабируемое выравнивание множественных белковых структур (2024) BioRxiv .