EasyAmplicon

EasyAmplicon

Китайская версия в (中文版见) README_cn.md.

EasyAmplicon: простой в использовании, воспроизводимый и основанный на сообществе конвейер для анализа данных ампликонов в исследованиях микробиома.

Версия: v1.21

Обновление: 05.08.2024 г.

Руководство по конвейеру и описание файла

Использование RStudio для открытия конвейера, доступного на китайском (pipeline.sh) и английском (pipeline_en.sh)

Описание файлов:

• Readme.md # Знакомство и установка
• Pipeline.sh # Анализ командной строки для Windows и Linux (доступен на китайском и английском языках)
• Pipeline_mac.sh # Анализ командной строки для MacOS
• result/ # Пример данных результата
• result/Diversity.Rmd # Интерактивный анализ разнообразия в R и вывод воспроизводимого отчета в формате HTML

Что мы можем сделать?

• Анализ и визуализация данных микробиома, особенно для ампликона 16S рДНК;
• Из необработанных данных в таблицы объектов;
• Поддержка более 20 методов анализа и визуализации, готовой к публикации;
• Завершите свой проект на своем ноутбуке в короткие сроки (около 3 часов);
• Вспомогательные материалы, руководство и видео на китайском/английском языках.

Рисунок 1. Конвейер EasyAmplicon для анализа последовательностей парных ампликонов.

Рисунок 2. Примеры визуализаций публикационного качества.

Рисунок 3. Дополнительные примеры визуализаций публикационного качества к рисунку 2.

Рисунок 4. Визуализации, созданные сторонним программным обеспечением с использованием промежуточных файлов EasyAmplicon.

Установить

Установить зависимость

Все резервные копии программного обеспечения можно найти в

• FTP: Filezilla посещает FTP download.nmdc.cn анонимно. В каталоге инструментов вы можете найти все программное обеспечение и пакеты в amplicon и различных системах, поддерживающих такие Mac.
• Диск Baidu Net: https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315

Пожалуйста, установите зависимое программное обеспечение в соответствии с вашей системой (Win/Mac/Linux).

• Для запуска сценариев R рекомендуется использовать R 4.xx https://www.r-project.org/. Также рекомендуется установить Rtools для пакетов исходного кода.
• RStudio 2023.xx.x — это интегрированная среда разработки для R https://posit.co/download/rstudio-desktop/.
• ШТАМП v2.1.3 http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP
• Git для Windows 2.xx.x (только для Windows) http://gitforwindows.org/
• Быстрая установка пакетов R

Для статистики и визуализации может потребоваться > 500 пакетов R. Установка занимает много времени и может также зависеть от других инструментов компиляции. Вы можете загрузить все необходимые пакеты R по адресу https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315 db/win/4.x.zip или db/mac/R4.2_mac_libraryX86_64.zip, затем разархивируйте и возьмите папка 4.x в C:Users[$UserName]AppDataLocalRwin-library

Установите EasyAmplicon

• Способ 1. Посетите домашнюю страницу GitHub, Код — Скачать.

• Конвейер EasyAmplicon (положительный контроль) https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon

• EasyMicrobiome включает скрипты и базы данных https://github.com/YongxinLiu/EasyMicrobiome.

Загрузите проект на C: или D:, затем разархивируйте (имя каталога должно совпадать с именем программного обеспечения)

• Способ 2. Загрузка через зеркало сайта в BaiduNetDisk: https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315 db/soft/EasyAmplicon.tar.gz или EasyMicrobiome.tar.gz.

• Способ 3. git clone https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon и git clone https://github.com/YongxinLiu/EasyMicrobiome . Примечание: fatal: unable to access можно повторить попытку.

Быстрый старт

На примере Windows 10+:

1. Откройте RStudio и установите терминал как Git Bash (Инструменты — Глобальные параметры — Терминал — Новые терминалы — Git Bash — ОК).
2. Файл — Открыть файл — папка EasyAmplicon — Pipeline.sh (Windows/Linux) или Pipe_mac.sh (Mac)
3. Настройте work directory (wd) и EasyMicrobiome directory (db), затем запускайте каждую строку, нажимая «Выполнить» в правом верхнем углу.

Пример набора данных

• seq/ # необработанное секвенирование в сжатом формате fastq, резервную копию можно загрузить по метаданным из GSA https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/
• result/ # Примеры данных и цифр для стандартного конвейера, например альфа, бета, налог
• Advanced/ # Пример расширенного анализа, включая данные, сценарии и выходные данные.

Часто задаваемые вопросы

Часто задаваемые вопросы в Pipeline.sh

Примечание. Все сценарии .sh написаны в формате уценки с использованием Youdao Note или VSCode для удобства чтения.

Цитирование

Если вы используете этот сценарий, укажите:

Лю Юн-Синь , Лэй Чен, Тэнфэй Ма, Сяофан Ли, Маошэн Чжэн, Синь Чжоу, Лян Чен, Сюбо Цянь, Цзяо Си, Хунъе Лу, Хуэйло Цао, Сяоя Ма, Бянь Бянь, Пэнфань Чжан, Цзицю Ву, Жэнь-Ю Ган, Баолей Цзя, Линьян Сунь, Чжичэн Цзюй, Юньюнь Гао, Тао Вэнь , Тонг Чен . 2023. EasyAmplicon: простой в использовании, воспроизводимый и основанный на сообществе конвейер с открытым исходным кодом для анализа данных ампликонов в исследованиях микробиома. иМета 2: e83. https://doi.org/10.1002/imt2.83

Copyright 2016-2023 Юн-Синь Лю [email protected], Тао Вэнь [email protected], Тонг Чен [email protected]