эластикс

Добро пожаловать в elastix: набор инструментов для жесткой и нежесткой регистрации изображений.

elastix — это программное обеспечение с открытым исходным кодом, основанное на известном наборе инструментов Insight Segmentation and Registration Toolkit (ITK). Программное обеспечение состоит из набора алгоритмов, которые обычно используются для регистрации (медицинских) изображений: задача поиска пространственного преобразования, сопоставления одного изображения ( фиксированного изображения) с другим ( движущимся изображением) путем оптимизации соответствующих показателей сходства изображений. . Модульная конструкция elastix позволяет пользователю быстро настраивать, тестировать и сравнивать различные методы регистрации для конкретного приложения. Интерфейс командной строки позволяет автоматизировать обработку большого количества наборов данных с помощью сценариев. В настоящее время elastix сопровождается ITKElastix, делающим его доступным на Python (на Pypi), и SimpleElastix, делающим его доступным на таких языках, как C++, Python, Java, R, Ruby, C# и Lua. Образ докера последней сборки elastix также доступен на dockerhub. Существует несколько плагинов для тех, кто хочет использовать функциональные возможности elastix в графическом интерфейсе пользователя, в том числе плагин napari и 3Dslicer.

Авторы

Ведущими разработчиками elastix являются Стефан Кляйн и Мариус Старинг. Первоначально это программное обеспечение было разработано в Институте изображений под руководством Жозиена П. В. Плуима. Сегодня многие внесли свой вклад в эластикс.

Если вы где-либо используете это программное обеспечение, мы будем признательны, если вы процитируете следующие статьи:

• С. Кляйн, М. Старинг, К. Мерфи, М. А. Виргевер, JPW Pluim, «elastix: набор инструментов для регистрации медицинских изображений на основе интенсивности», IEEE Transactions on Medical Imaging, vol. 29, нет. 1, стр. 196–205, январь 2010 г. скачать doi
• Д.П. Шамонин, Э.Э. Брон, Б.П.Ф. Лелиевельдт, М. Смитс, С. Кляйн и М. Старинг, «Быстрая параллельная регистрация изображений на процессоре и графическом процессоре для диагностической классификации болезни Альцгеймера», Frontiers in Neuroinformatics, vol. 7, нет. 50, стр. 1–15, январь 2014 г. скачать doi

Конкретные компоненты эластикса производятся многими; Соответствующую цитату можно найти здесь. Кроме того, вы можете использовать идентификаторы elastix DOI от Zenodo для ссылки на конкретные выпуски программного обеспечения: https://zenodo.org/doi/10.5281/zenodo.13366181

Дополнительная информация

Дополнительную информацию, включая обширное руководство и зоопарк моделей, можно найти на вики.

Интерактивные учебные пособия доступны в блокнотах Jupyter.

Вы также можете подписаться на список рассылки для вопросов. Информацию о вкладе в elastix можно найти здесь.