Загрузка проверки nf - Загрузка исходного кода проверки nf

проверка nf

Другой исходный код

Version 1.1.4 - Kushiro

Скачать

Плагин Nextflow для работы с проверкой параметров трубопровода и таблиц образцов.

Важный

`nf-validation` теперь переименована в `nf-schema` .

Плагин nf-validation не будет получать никаких будущих обновлений. Пожалуйста, обновите свои конвейеры, чтобы вместо этого использовать nf-schema .

Подробности см. на https://github.com/nextflow-io/nf-schema.

Это изменение было необходимо для предотвращения поломки старых версий конвейеров nf-core с незакрепленными ссылками на плагины при обновлении до последней версии nf-validation . Пожалуйста, закрепите версию nf-schema в файле nextflow.config вашего конвейера:

plugins { id ' [email protected] ' }

Введение

Этот плагин Nextflow предоставляет ряд функций, которые можно включить в сценарий конвейера Nextflow для работы со схемой параметров и таблицы образцов. Используя эти функции, вы можете:

? Распечатать инструкции по использованию на терминале (для использования с --help )
✍️ Распечатка результатов журнала, показывающих параметры со значениями, отличными от значений по умолчанию.
✅ Проверка предоставленных параметров на соответствие схеме конвейера.
? Проверьте содержимое предоставленных файлов с образцами.
?️ Создайте канал Nextflow с проанализированным листом образцов.

Поддерживаемые форматы образцов: CSV, TSV и YAML (простой).

Быстрый старт

Объявите плагин в файле конфигурации конвейера Nextflow:

plugins {
  id ' nf-validation '
}

Это все, что нужно — Nextflow автоматически получит код плагина во время выполнения.

Примечание

В приведенном выше фрагменте всегда будет предпринята попытка установить последнюю версию, чтобы убедиться, что включены последние исправления ошибок! Однако это может вызвать трудности при работе в автономном режиме. Вы можете закрепить конкретный выпуск, используя синтаксис [email protected]

Теперь вы можете включить вспомогательные функции плагина в свой конвейер Nextflow:

include { validateParameters; paramsHelp; paramsSummaryLog; fromSamplesheet } from ' plugin/nf-validation '

// Print help message, supply typical command line usage for the pipeline
if (params . help) {
   log . info paramsHelp( " nextflow run my_pipeline --input input_file.csv " )
   exit 0
}

// Validate input parameters
validateParameters()

// Print summary of supplied parameters
log . info paramsSummaryLog(workflow)

// Create a new channel of metadata from a sample sheet
// NB: `input` corresponds to `params.input` and associated sample sheet schema
ch_input = Channel . fromSamplesheet( " input " )