АрчР

---

ArchR имеет новые функции, доступные для анализа scATAC-seq

Парный анализ scATAC-seq и scRNA-seq

ArchR теперь поддерживает парный анализ scATAC-seq и scRNA-seq!
Просматривайте обновления с помощью importFeatureMatrix, addGeneExpressionMatrix, addIterativeLSI, addCombinedDims.
Краткое руководство по этим функциям: https://greenleaflab.github.io/ArchR_2020/Ex-Analyze-Multiome.html.

Анализ траектории

ArchR теперь напрямую поддерживает анализ траекторий на основе monocle3 и Slingshot!
Просматривайте обновления с помощью getMonocleTrajectories, addMonocleTrajectory, addSlingShotTrajectories.
Краткое руководство по этим функциям: https://greenleaflab.github.io/ArchR_2020/Ex-Analyze-Trajectory.html.

Кроме того, ArchR теперь позволяет экспортировать матрицу пиков, совместимую с STREAM!
Просматривайте обновления с помощью ExportPeakMatrixForSTREAM.

ArchR в настоящее время находится на стадии бета-тестирования и будет активно развиваться в процессе экспертной оценки.

ArchR — это полнофункциональный пакет R для обработки и анализа одноклеточных данных ATAC-seq. ArchR предоставляет самый обширный набор инструментов анализа scATAC-seq среди всех доступных программ. Кроме того, ArchR отличается как скоростью, так и использованием ресурсов, позволяя анализировать 1 миллион ячеек за 8 часов на ноутбуке MacBook Pro.

Инструкции по установке и полную документацию можно найти на сайте www.ArchRProject.com.

---

Быстрая установка ArchR

Для получения полной информации об установке и часто связанных с этим вопросах посетите сайт www.ArchRProject.com.

Сначала установите инструменты разработчика (для установки пакетов GitHub), если они еще не установлены:

 if ( ! requireNamespace( " devtools " , quietly = TRUE )) install.packages( " devtools " )

Затем установите BiocManager (для установки пакетов биокондуктора), если он еще не установлен:

 if ( ! requireNamespace( " BiocManager " , quietly = TRUE )) install.packages( " BiocManager " )

Затем установите ArchR:

 devtools :: install_github( " GreenleafLab/ArchR " , ref = " master " , repos = BiocManager :: repositories())

Наконец, установите все зависимости ArchR, которые не установлены по умолчанию:

library( ArchR )
ArchR :: installExtraPackages()

Если какой-либо из этих шагов не удался, вам следует определить проблемный пакет и устранить неполадки в этой отдельной установке, прежде чем продолжить. Кроме того, посетите веб-сайт ArchR (www.ArchRProject.com), где можно найти советы по устранению неполадок при установке.

Проблемы с использованием ArchR?

ArchR в настоящее время находится в стадии бета-тестирования . Мы ожидаем, что на дороге будут неровности. Если вы считаете, что нашли ошибку, сначала установите последнюю версию ArchR через

 devtools :: install_github( " GreenleafLab/ArchR " , ref = " master " , repos = BiocManager :: repositories())

Если это не решит вашу проблему, сообщите о проблеме на Github с помощью формы отчета об ошибке .

Если у вас есть вопросы по использованию ArchR, обратитесь к полному руководству пользователя с возможностью поиска, разделу часто задаваемых вопросов и публикации. Если вы считаете, что документация на этом веб-сайте или в аннотациях к функциям неясна, отправьте проблему на Github с помощью формы запроса документации . Если в ArchR, по вашему мнению, отсутствует какая-либо функция , и вы уже просмотрели руководство пользователя , отправьте проблему на Github с помощью формы запроса функции . Если ни один из этих вариантов не помог, отправьте нам электронное письмо. Мы сделаем все возможное, чтобы ответить на вопросы, на которые нет другого ответа в документации.