В этом репозитории представлен вычислительный рабочий процесс для расчета и характеристики всех iModulons для выбранного организма. Это происходит в пять этапов:
iModulons — это независимо модулируемая группа генов, которые рассчитываются с помощью анализа независимых компонентов (ICA) набора данных по экспрессии генов. Чтобы узнать больше об iModulons или изучить опубликованные iModulons, посетите iModulonDB или ознакомьтесь с нашими публикациями по Escherichia coli , Staphylococcus aureus или Bacillus subtilis .
Здесь мы представляем концепцию модуляма организма, которая представляет собой набор всех iModulons, которые можно вычислить для организма на основе общедоступных данных секвенирования РНК. Вычислительный конвейер обеспечивает пошаговый рабочий процесс для вычисления модуля Bacillus subtilis .
Мы предоставили готовые контейнеры Docker со всем необходимым программным обеспечением.
Для начала установите Docker и Nextflow.
Вы также можете запускать каждую программу локально, со всеми требованиями, перечисленными в файле conda environment.yml . Для шага 5 (характерные iModulon) дополнительно установите pymodulon.
Пожалуйста, цитируйте следующий документ: iModulonMiner и PyModulon: Программное обеспечение для неконтролируемого анализа сборников экспрессии генов.
