Загрузка seqkit - Загрузка исходного кода seqkit

секкит

Другой исходный код

v2.9.0

Скачать

SeqKit — кроссплатформенный и сверхбыстрый набор инструментов для манипуляций с файлами FASTA/Q.

Попробуйте SeqKit в своем браузере (руководства и упражнения предоставлены sandbox.bio)
Документы: http://bioinf.shenwei.me/seqkit ( использование , часто задаваемые вопросы , руководство и тесты )
Исходный код: https://github.com/shenwei356/seqkit.
Последняя версия:
Пожалуйста, укажите: ,
Другие :

Подкоманды SeqKit2

Функции

Легко установить (скачать)

Предоставление статически связанных исполняемых двоичных файлов для нескольких платформ (Linux/Windows/macOS, amd64/arm64)
Легкий и готовый к использованию, без зависимостей, без компиляции и настройки.
conda install -c bioconda seqkit

Простота в использовании

Сверхбыстрый (см. технические подробности и тесты)
Беспрепятственный анализ форматов FASTA и FASTQ.
Поддержка (сжатие gzip / xz / zstd / bzip2 ) STDIN/STDOUT и файлов ввода/вывода, легко интегрируемых в канал
Воспроизводимые результаты (настраиваемое рандомное начальное число в sample и shuffle )
Поддержка идентификатора пользовательской последовательности с помощью регулярного выражения
Поддержка автодополнения Bash/Zsh

Универсальные команды (использование и примеры)

Практичные функции, поддерживаемые 38 подкомандами

Установка

Перейдите на страницу загрузки, чтобы просмотреть дополнительные параметры загрузки и журналы изменений, или установите через conda:

conda install -c bioconda seqkit

Подкоманды

Категория	Команда	Функция	Вход	Чувствительность прядей	Многопоточность
Основная операция	последовательность	Преобразование последовательностей: извлечение идентификатора/последовательности, фильтрация по длине/качеству, удаление пробелов…	ФАСТА/К
	статистика	Простая статистика: #seqs, min/max_len, N50, Q20%, Q30%…	ФАСТА/К		✓
	подпоследовательность	Получите подпоследовательности по регионам/gtf/слоям, включая фланкирующие последовательности.	ФАСТА/К	+ или/и -
	скользящий	Извлечение подпоследовательностей в скользящих окнах	ФАСТА/К	+ только
	faidx	Создайте индексный файл FASTA и извлеките подпоследовательности (с большим количеством функций, чем у samtools faidx)	ФАСТА	+ или/и -
	переводить	перевести ДНК/РНК в последовательность белка	ФАСТА/К	+ или/и -
	смотреть	Мониторинг и онлайн-гистограммы особенностей последовательности	ФАСТА/К
	копро	Конкатенация и потоковая передача файлов fastx в реальном времени	ФАСТА/К		✓
Преобразование формата	fq2fa	Конвертировать FASTQ в формат FASTA	БЫСТРЫЙ
	fx2tab	Преобразование FASTA/Q в табличный формат	ФАСТА/К
	fa2fq	Получить соответствующие записи FASTQ с помощью файла FASTA.	ФАСТА/К	+ только
	tab2fx	Преобразование табличного формата в формат FASTA/Q	ТСВ
	конвертировать	Преобразование качественного кодирования FASTQ между Sanger, Solexa и Illumina	ФАСТА/К
Идет поиск	греп	Поиск последовательностей по идентификатору/названию/последовательности/мотиву последовательности, допускается несовпадение	ФАСТА/К	+ и -	частично, -м
	найти	Найдите подпоследовательности/мотивы, допускается несовпадение	ФАСТА/К	+ и -	частично, -м
	ампликон	Извлечь ампликон (или определенную область вокруг него), допускается несовпадение	ФАСТА/К	+ и -	частично, -м
	рыба	Ищите короткие последовательности в более крупных последовательностях.	ФАСТА/К	+ и -
Установить операцию	образец	Выборочные последовательности по количеству или пропорциям	ФАСТА/К
	rmdup	Удаление дублированных последовательностей по идентификатору/имени/последовательности	ФАСТА/К	+ и -
	общий	Найти общие последовательности нескольких файлов по идентификатору/имени/последовательности	ФАСТА/К	+ и -
	дубликат	Дублирующиеся последовательности N раз	ФАСТА/К
	расколоть	Разделение последовательностей на файлы по id/seq региона/размеру/частям (в основном для FASTA)	ФАСТА предпочитает
	раскол2	Разделение последовательностей на файлы по размеру/частям (FASTA, PE/SE FASTQ)	ФАСТА/К
	голова	Распечатать первые N записей FASTA/Q	ФАСТА/К
	геном головы	Выведите последовательности первого генома с общими префиксами в имени.	ФАСТА/К
	диапазон	Печать записей FASTA/Q в диапазоне (начало: конец)	ФАСТА/К
	пара	Исправление парного чтения из двух файлов fastq.	ФАСТА/К
Редактировать	заменять	Заменить имя/последовательность регулярным выражением	ФАСТА/К	+ только
	переименовывать	Переименуйте повторяющиеся идентификаторы	ФАСТА/К
	конкат	Объединение последовательностей с одинаковым идентификатором из нескольких файлов.	ФАСТА/К	+ только
	перезапуск	Сбросить начальную позицию для кольцевого генома	ФАСТА/К	+ только
	мутировать	Редактировать последовательность (точечная мутация, вставка, удаление)	ФАСТА/К	+ только
	Сана	Очистите неработающие однострочные файлы FASTQ.	БЫСТРЫЙ
Заказ	сортировать	Сортировка последовательностей по идентификатору/имени/последовательности/длине	ФАСТА предпочитает
	перетасовать	Перемешать последовательности	ФАСТА предпочитает
обработка БАМа	бам	Мониторинг и онлайн-гистограммы особенностей записи БАМа	БАМ
Разнообразный	сумма	Вычислить дайджест сообщения для всех последовательностей в файлах FASTA/Q.	ФАСТА/К		✓
	объединить слайды	Объединить скользящие окна, созданные из скольжения seqkit	ТСВ

Примечания:

Чувствительность прядей:

+ only : обработка только положительной/прямой цепи.
+ and - : поиск по обеим цепям.
+ or/and - : зависит от флагов/опций/аргументов пользователя.

Многопоточность: использование четырех потоков по умолчанию достаточно быстро для большинства команд, некоторые команды могут выиграть от дополнительных потоков.

Цитирование

Вэй Шен*, Ботонд Сипос и Люян Чжао. 2024. SeqKit2: швейцарский армейский нож для обработки последовательностей и выравнивания. iМета е191. дои: 10.1002/imt2.191.
Вэй Шен, Шуай Ле, Янь Ли* и Фуцюань Ху*. SeqKit: кроссплатформенный и сверхбыстрый набор инструментов для манипулирования файлами FASTA/Q. ПЛОС ОДИН . doi:10.1371/journal.pone.0163962.