pbbam

пббам

Начиная с версии SMRTanaанализа 3.0, PacBio использует стандартный отраслевой формат BAM для (как выровненных, так и невыровненных) файлов данных базовых вызовов. Мы также разработали формат сопутствующего файла BAM (bam.pbi), обеспечивающий быстрый доступ к более широкому набору информации о каждом чтении, а также совместимость с программным обеспечением, созданным на основе устаревшего формата cmp.h5.

Пакет программного обеспечения pbbam предоставляет компоненты для создания, запроса и редактирования файлов PacBio BAM и связанных индексов. Эти компоненты включают базовую библиотеку C++, привязки для дополнительных языков и утилиты командной строки.

Доступность

Последнюю версию pbbam можно установить с помощью пакета bioconda pbbam .

Пожалуйста, посетите нашу официальную страницу pbbioconda для получения информации об установке, поддержке, лицензии, авторских правах и отказе от ответственности.

Примечание:

Эта библиотека не предназначена для использования в качестве утилиты BAM общего назначения — все входные и выходные BAM должны соответствовать спецификации формата BAM PacBio. BAM, не относящиеся к PacBio, будут вызывать исключения.

Документация

• Документация Главная

  • Начиная
  • Справочник по API C++

• Журнал изменений

Часто задаваемые вопросы

Помощь! Я получаю «неподдерживаемую комбинацию химических веществ для секвенирования»!

pbbam проверяет все файлы BAM и в рамках этой проверки проверяет, известны ли переменные BindingKit и SequencingKit в каждой группе чтения предоставленного файла BAM. В рамках текущих химических разработок нам может потребоваться ввести новые номера деталей для идентификации новых реагентов и/или ячеек SMRT. Вы вряд ли столкнетесь с такими проблемами при использовании SMRT Link, поскольку он имеет встроенное средство автоматического обновления, которое будет периодически проверять и автоматически устанавливать новые химические анализы. Все инструменты PacBio, используемые без надлежащей установки SMRT Link, потребуют ручного вмешательства для загрузки новых биохимических анализов:

 cd < some persistent dir >
export SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR= " ${PWD} "

wget https://raw.githubusercontent.com/PacificBiosciences/pbcore/develop/pbcore/chemistry/resources/mapping.xml -O chemistry.xml

Это заставит pbbam попытаться загрузить внеполосный chemistry.xml из SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR и позволит вам использовать более старое программное обеспечение с более новыми BAM. Примечание: это позволяет пройти только внутреннюю проверку pbbam , это не заставит другое программное обеспечение, зависящее от химического состава, автоматически работать с новыми химическими анализами. Например, серверная часть Arrow (Unanimity) также параметризована по химии, и она выйдет из строя, если будет введена совершенно новая химия. См. FAQ Unanimity о том, как использовать SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR для загрузки моделей для новых химических процессов.

Лицензия

• Лицензия с открытым исходным кодом PacBio

ОТКАЗ ОТ ОТВЕТСТВЕННОСТИ

ДАННЫЙ ВЕБ-САЙТ, СОДЕРЖИМОЕ И ВСЕ СВЯЗАННЫЕ С САЙТОМ УСЛУГИ, ВКЛЮЧАЯ ЛЮБЫЕ ДАННЫЕ, ПРЕДОСТАВЛЯЮТСЯ «КАК ЕСТЬ», СО ВСЕМИ ОШИБКАМИ, БЕЗ ЗАЯВЛЕНИЙ ИЛИ ГАРАНТИЙ ЛЮБОГО РОДА, ЯВНЫХ ИЛИ ПОДРАЗУМЕВАЕМЫХ, ВКЛЮЧАЯ, НО НЕ ОГРАНИЧИВАЯСЬ, ЛЮБЫЕ ГАРАНТИИ ТОВАРНАЯ ПРИГОДНОСТЬ, УДОВЛЕТВОРИТЕЛЬНОЕ КАЧЕСТВО, НЕНАРУШЕНИЕ ПРАВ ИЛИ ПРИГОДНОСТЬ ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕННОЙ ЦЕЛИ. ВЫ ПРИНИМАЕТЕ ПОЛНУЮ ОТВЕТСТВЕННОСТЬ И РИСК ЗА ИСПОЛЬЗОВАНИЕ ЭТОГО САЙТА, ​​ВСЕХ СВЯЗАННЫХ С САЙТОМ УСЛУГ И ЛЮБЫХ ВЕБ-САЙТОВ ИЛИ ПРИЛОЖЕНИЙ ТРЕТЬИХ ЛИЦ. НИКАКАЯ УСТНАЯ ИЛИ ПИСЬМЕННАЯ ИНФОРМАЦИЯ ИЛИ СОВЕТЫ НЕ ДОЛЖНЫ СОЗДАВАТЬ ГАРАНТИИ ЛЮБОГО РОДА. ЛЮБЫЕ ССЫЛКИ НА КОНКРЕТНЫЕ ПРОДУКТЫ ИЛИ УСЛУГИ НА ВЕБ-САЙТАХ НЕ ЯВЛЯЮТСЯ И НЕ ПОДРАЗУМЕВАЮТ РЕКОМЕНДАЦИИ ИЛИ ОДОБРЕНИЯ СО стороны PACIFIC BIOSCIENCES.