ячейка2tcr

Cell2TCR — это инструмент для определения мотивов Т-клеточных рецепторов (TCR). Мотив TCR описывает группу TCR с достаточным сходством последовательностей, чтобы, вероятно, распознавать общий эпитоп.

Начиная

См. пример использования в cell2tcr.ipynb.

Установка

1. Создайте новую среду conda

 conda create --name cell2tcr_env python=3.10
conda activate cell2tcr_env

2. Установите Cell2TCR с Github.

git clone https://github.com/Teichlab/cell2tcr.git
cd cell2tcr
pip install .

3. Необязательно: добавьте ядро ​​для использования в блокнотах Jupyter.

 python -m ipykernel install --user --name cell2tcr_env

Вызов SARS-CoV-2 у человека раскрывает динамику локальной и системной реакции

Опубликовано в Nature 19.06.2024

Рик Г.Х. Линдебум*, Кейли Б. Уорлок*, Лиза М. Дратва, Масахиро Йошида, Дэвид Скоби, Хелен Р. Вагстафф, Лаура Ричардсон, Анна Уилбри-Кларк, Жозефина Л. Барнс, Лоренц Кречмер, Кшиштоф Полански, Джессика Аллен-Хиттинен , Пуджа Мехта, Динити Суманавира, Жаклин М. Боккачино, Варадон Сунгнак, Раса Эльментайте, Ни Хуанг, Лира Маманова, Ракеш Капуге, Лиам Болт, Елена Пригмор, Бен Киллингли, Мария Калинова, Мария Майер, Элисон Бойерс, Алекс Манн, Лео Свадлинг, Максимилиан Н. Дж. Вудалл, Сэмюэл Эллис , Клэр М. Смит, Витор Х. Тейшейра, Сэм М. Джейнс, Рэйчел К. Чемберс, Музлифа Ханиффа, Эндрю Кэтчпол, Роберт Хейдерман, Махдад Нурсадеги, Бенни Чейн, Андреас Майер, Керстин Б. Мейер, Кристофер Чиу, Марко З. Николич† и Сара А. Тейхманн†