ААВ

ААВ

Последнее обновление: 03.05.2024

Отказ от ответственности

ЭТОТ РЕПОЗИТАРИЙ УСТАРЕЛ И БОЛЬШЕ НЕ БУДЕТ ПОДДЕРЖИВАТЬСЯ.

Это было личное хранилище для анализа данных секвенирования AAV длительного считывания PacBio. Открытый исходный код в настоящее время поддерживается и развивается в репозитории LAAVA компании FormBio. Пожалуйста, посетите LAAVA, чтобы получить новейшую кодовую базу! Спасибо!

Предварительные условия

• Питон 3.7
• Р

Требуются библиотеки Python:

• Писам

Требуются пакеты R:

• ggplot2
• дплир
• сетка
• сеткаЭкстра

Установка

Вы можете напрямую загрузить/клонировать репозиторий, чтобы напрямую использовать скрипты.

 $ git clone https://github.com/Magdoll/AAV.git

Вы можете установить зависимости самостоятельно или использовать один из следующих вариантов на основе conda.

Вариант 1. Используйте Conda и установите необходимые компоненты по отдельности.

 conda install -c bioconda pysam
conda install -c r ggplot2
conda install -c r dpylr
conda install -c r grid
conda install -c r gridExtra

Вариант 2: используйте Conda с yml

Предположим, у вас установлена ​​anaconda, а двоичный файл находится в $HOME/anaCogentPy37/bin . Вы должны добавить двоичный файл в $PATH и создать новую среду conda под названием AAV.env .

 $ export PATH=$HOME/anaCogentPy37/bin:$PATH
$ conda env create -f AAV.conda_env.yml
$ source activate AAV.env

На этом этапе приглашение должно измениться на (AAV.env) $

Использование

Пожалуйста, прочитайте руководство по AAV