partis

партийный

Partis — это основанная на HMM платформа для аннотации последовательностей рецепторов B- и T-клеток, моделирования, вывода клонального семейства и зародышевой линии, а также прогнозирования аффинности. Он построен на основе компилятора Ham HMM и набора инструментов аннотации Смита-Уотермана ig-sw. Partis — бесплатное программное обеспечение под лицензией GPL v3.

Различные компоненты описаны в следующих статьях. Поскольку они делают совершенно разные вещи, лучше всего, если вы сможете сослаться на конкретные статьи, в которых описываются используемые вами компоненты.

• Парная кластеризация Ральф, Д.К., и Матсен И.В., Ф.А. (2022). Вывод о семействах клонов B-клеток с использованием информации о спаривании тяжелой/легкой цепи. PLoS Вычислительная биология, 18(11), e1010723.
• Метрики отбора Ральф, Д.К., и Матсен И.В., Ф.А. (2020). Использование структур линии рецепторов B-клеток для прогнозирования сродства. PLoS Вычислительная биология, 16 (11), e1008391.
• Вывод о зародышевой линии Ральф, Д.К., и Матсен И.В., Ф.А. (2019). Вывод о зародышевой линии иммуноглобулина по каждому образцу [...]. PLoS Вычислительная биология, 15 (7), e1007133.
• Вывод о клональном семействе Ральф, Д.К., и Матсен IV, Ф.А. (2016). Основанный на вероятности вывод о клональных семьях B-клеток. PLoS Вычислительная биология, 12 (10), e1005086.
• Структура HMM и аннотация BCR Ральф, Д.К., и Матсен И.В., Ф.А. (2016). Последовательность [...] обеспечивает точную аннотацию последовательности рецепторов B-клеток. PLoS Вычислительная биология, 12 (1), e1004409.

Лучшее место для начала чтения руководства — это краткое руководство или оглавление. Подробности о многих опциях, не описанных там, можно найти, запустив справку по каждой подкоманде, например, partis cache-parameters --help или partis simulate --help .

Чтобы задать вопросы о том, как запустить или как все работает, воспользуйтесь группой Google. С другой стороны, в случае конкретных проблем с программным обеспечением, например отчетов об ошибках или запросов на добавление функций, отправьте сообщение о проблеме на github. Также можно поискать по прошлым обсуждениям как в группе Google, так и в закрытых темах. Если вы хотите получать уведомления о каких-то важных изменениях, подпишитесь на группу Google.