RagTag

РэгТэг

RagTag — это набор программных инструментов для создания и улучшения современных сборок генома. В задачи входит:

• Исправление ошибок сборки на основе гомологии
• Сборка и исправление на основе гомологии
• Объединение лесов

RagTag также предоставляет утилиты командной строки для работы с распространенными форматами файлов сборки генома.

Начиная

 # install with conda
conda install -c bioconda ragtag

# correct a query assembly
ragtag.py correct ref.fasta query.fasta

# scaffold a query assembly
ragtag.py scaffold ref.fasta query.fasta

# scaffold with multiple references/maps
ragtag.py scaffold -o out_1 ref1.fasta query.fasta
ragtag.py scaffold -o out_2 ref2.fasta query.fasta
ragtag.py merge query.fasta out_ * / * .agp other.map.agp

# use Hi-C to resolve conflicts
ragtag.py merge -b hic.bam query.fasta out_ * / * .agp other.map.agp

# make joins and fill gaps in target.fa using sequences from query.fa
ragtag.py patch target.fa query.fa

Документы

Пожалуйста, посетите Wiki для получения подробной документации.

Зависимости

• Minimap2, Unimap или Nuccer
• Python 3 (со следующими автоматически устанавливаемыми пакетами)
  • бестолковый
  • интервал-дерево
  • Писам
  • сетьx

Цитирование

• Алонге, Майкл и др. «Автоматизированные строительные леса повышают эффективность новой томатной системы для высокопроизводительного редактирования генома». Геномная биология (2022).
  https://doi.org/10.1186/s13059-022-02823-7

RagTag заменяет RaGOO:

• Алонге, Майкл и др. «RaGOO: быстрое и точное создание проектов геномов на основе справочных материалов». Геномная биология 20.1 (2019): 1-17.
  https://doi.org/10.1186/s13059-019-1829-6

Благодарности

Многие из основных алгоритмических улучшений по сравнению с первой версией RaGOO были предоставлены Алексеем Зиминым, ведущим разработчиком ассемблера MaSuRCA. Лука Вентурини предложил и первоначально реализовал множество усовершенствований функций, таких как интеграция с pysam. «Слияние» RagTag было вдохновлено CAMSA. Разработчик CAMSA Сергей Аганезов помог проверить соответствующий код RagTag. «Патч» RagTag был вдохновлен Grafter, инструментом для строительных лесов, написанным Мелани Кирше. Мелани предоставила рекомендации по внедрению RagTag. Майкл Шац руководил всем проектом.