meryl
v1.4.1
Это «meryl», почти полностью переписанное слово «meryl», которое появилось как в проекте kmer, так и в Celera Assembler.
ВАЖНО : Получите последнюю версию кода Meryl из этого репозитория. Это несовместимо со старыми базами данных Meryl, созданными на базе Canu 1.8 или более ранних версий. Новый Мерил значительно быстрее предыдущей версии.
meryl dbs больше не имеют форматов файлов .mcdat и .mcidx . База данных Meryl теперь представляет собой КАТАЛОГ, содержащий 64 двоичных файла + 64 индекса (128 файлов).
gcc 10.2.0 или выше
Версия выпуска: загрузите стабильную версию выпуска.
# Пример для Linux-amd64wget https://github.com/marbl/meryl/releases/download/v1.4.1/meryl-1.4.1.Linux-amd64.tar.xz tar -xJf meryl-1.4.1.Linux-amd64.tar.xzexport PATH=/path/to/meryl-1.4.1/bin:$PATH
Экспериментальный совет (используйте git 2.25.1 или выше):
git clone https://github.com/marbl/meryl.git# buildcd meryl/src make -j 24export PATH=/path/to/meryl/*/bin:$PATH
См. Меркурий.
Мы не хотели мучить мир еще одной бумагой для подсчета k-меров, поэтому вставили мерил в методы merqury:
Ри А., Валенц Б.П., Корен С. и др. Merqury: безреферентная оценка качества, полноты и поэтапности сборок генома. Геном Биол 21, 245 (2020). https://doi.org/10.1186/s13059-020-02134-9
