fold_slice
Это индивидуальный код И Цзяна для рентгеновской/электронной птихографии и томографии/ламинографии.
Пакет построен на основе кода Matlab, разработанного Science IT и группами по когерентному рассеянию рентгеновских лучей (CXS) в Институте Пола Шеррера, Швейцария: https://www.psi.ch/en/sls/csaxs/software. Вопросы авторского права и лицензии должны соответствовать соглашениям (см. ниже) и/или содержать ссылку на их веб-сайт.
Начать
Ознакомьтесь с официальной документацией пакета PtychoShelves, чтобы узнать его требования. Для использования всех функций вам понадобится следующий набор инструментов Matlab: параллельные вычисления, подбор кривой, обработка изображений, оптимизация и обработка сигналов.
Для птихографии попробуйте сценарии подготовки и реконструкции данных в /fold_slice/ptycho/examples, чтобы ознакомиться с форматом данных и параметрами реконструкции.
Ресурсы
- Настраиваемый складной срезGPT, который служит помощником искусственного интеллекта в рентгеновской и электронной полиграфии. Он может помочь пользователям в решении различных задач, таких как разработка экспериментов и подготовка сценариев реконструкции.
- fold_slice можно использовать в нашем новом рабочем процессе на основе LLM (PEAR). Не стесняйтесь обращаться ко мне, если вы хотите стать альфа-тестером.
- Файлы в /fold_slice/ptycho/notes/ могут помочь вам понять общую структуру кода. Внимание: некоторые примечания могут быть устаревшими.
- Доктор Чиа-Хао Ли написал отличный блог, в котором подробно описаны алгоритмы и структура кода PtychoShelves.
- У нас есть еженедельная исследовательская группа для обсуждения новых методов компьютерной визуализации в электронной микроскопии. Некоторые обучающие лекции можно найти здесь.
Основные отличия от пакета PtychoShelves
Некоторые соглашения по вводу-выводу данных и реконструкции были изменены с учетом электронной печатографии. Более подробную информацию смотрите в примерах сценариев.
В качестве нового механизма добавлен модифицированный алгоритм многосрезовой птихографии максимального правдоподобия наименьших квадратов: GPU_MS.
Он основан на движке графического процессора (написанном Михалом Одстрсилом) с такими улучшениями, как несколько режимов проверки и исправления ошибок. Использование кода должно включать дополнительные цитаты:
З. Чен, Ю. Цзян, Ю. Шао, М. Е. Хольц, М. Одстрчил, М. Гизар-Сикайрос, И. Ханке, С. Ганшоу, Д. Г. Шлом, Д. А. Мюллер, Электронная птихография достигает пределов атомного разрешения, установленных вибрациями решетки . Наука 372 (6544), 826-831.
Мы разработали рабочий процесс автоматической настройки параметров для птихографии с использованием байесовской оптимизации с гауссовскими процессами: https://doi.org/10.1038/s41598-022-16041-5. Более подробную информацию смотрите в примерах сценариев.
Неисчерпывающий список новых функций движков GPU и GPU_MS:
| Функции | графический процессор | ГПУ_МС |
|---|
| Смешанные состояния + многосрезовая птихография | ✖️ | ✔️ |
| Динамическая мультисрезовая реконструкция | ✖️ | ✔️ |
| Усовершенствованная птихография с сканированием произвольной траектории | ✔️ | ✖️ |
| Многосканированная реконструкция | ✔️ | ✔️ |
| Телевизионная регуляризация на объектной фазе | ✔️ | ✔️ |
| Удаление артефактов сетки | ✔️ | ✖️ |
| Автоматический выбор параметров | ✔️ | ✔️ |
| Учет размытия детектора с помощью ядра Гаусса | ✔️ | ✔️ |
Другое программное обеспечение для полиграфии
Если у вас нет Matlab или вы хотите изучить другое программное обеспечение для полиграфии. Вот несколько публичных репозиториев:
Адорим: https://github.com/mdw771/adorym
Ptycho_gui: https://github.com/NSLS-II/ptycho_gui
Птиходус: https://github.com/AdvancedPhotonSource/ptychodus
ПтихоНН: https://github.com/mcherukara/PtychoNN
Птихопия: https://github.com/kyuepublic/ptychopy
Py4DSTEM: https://github.com/py4dstem/py4DSTEM
PyNX: http://ftp.esrf.fr/pub/scisoft/PyNX/doc/
Тайк: https://github.com/tomography/tike
Академическое лицензионное соглашение
Исходный код
Введение
В настоящем лицензионном соглашении излагаются условия, в соответствии с которыми ИНСТИТУТ ПОЛА ШЕРРЕРА (PSI), CH-5232 Villigen-PSI, Швейцария (далее «ЛИЦЕНЗИАР») предоставит вам (далее «ЛИЦЕНЗИАТ») безвозмездную неисключительную лицензию. лицензия только для академических, некоммерческих целей (далее «ЛИЦЕНЗИЯ») на использование компьютерной программы пакета cSAXS ptychography MATLAB и связанной с ней документации, представленной в соответствии с настоящим Соглашением. (далее «ПРОГРАММА»).
Условия ЛИЦЕНЗИИ
- ЛИЦЕНЗИАР предоставляет ЛИЦЕНЗИАТУ безвозмездную неисключительную лицензию на использование ПРОГРАММЫ в академических, некоммерческих целях на условиях, изложенных ниже, и до прекращения действия этой лицензии, как указано ниже.
- ЛИЦЕНЗИАТ признает, что ПРОГРАММА представляет собой исследовательский инструмент, который все еще находится на стадии разработки. ПРОГРАММА предоставляется без каких-либо сопутствующих услуг, улучшений или гарантий со стороны ЛИЦЕНЗИАРА, и ЛИЦЕНЗИЯ заключена для того, чтобы другие могли использовать ПРОГРАММУ в своей академической деятельности. ЛИЦЕНЗИАТ несет ответственность за обеспечение его надлежащего использования и правильности результатов.
- ПРОГРАММА ПРЕДОСТАВЛЯЕТСЯ «КАК ЕСТЬ», БЕЗ КАКИХ-ЛИБО ГАРАНТИЙ, ЯВНЫХ ИЛИ ПОДРАЗУМЕВАЕМЫХ, ВКЛЮЧАЯ, НО НЕ ОГРАНИЧИВАЯСЬ, ГАРАНТИЯМИ ТОВАРНОЙ ЦЕННОСТИ, ПРИГОДНОСТИ ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕННОЙ ЦЕЛИ И НЕНАРУШЕНИЯ ЛЮБЫХ ПАТЕНТОВ, АВТОРСКИХ ПРАВ, ТОРГОВЫХ ЗНАКОВ ИЛИ ДРУГИХ ПРАВ. ЛИЦЕНЗИАР, АВТОРЫ ИЛИ ОБЛАДАТЕЛИ АВТОРСКИХ ПРАВ НЕ НЕСУТ ОТВЕТСТВЕННОСТИ ЗА ЛЮБЫЕ ПРЕТЕНЗИИ, ПРЯМЫЕ, КОСВЕННЫЕ ИЛИ КОСВЕННЫЕ УБЫТКИ ИЛИ ДРУГУЮ ОТВЕТСТВЕННОСТЬ, ВОЗНИКАЮЩУЮ ИЗ, В СВЯЗИ С ПРОГРАММОЙ ИЛИ ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ПРОГРАММЫ ИЛИ ДРУГИМИ СДЕЛКАМИ В ПРОГРАММА.
- ЛИЦЕНЗИАТ соглашается с тем, что он будет использовать ПРОГРАММУ и любые модификации, улучшения или производные ПРОГРАММЫ, которые ЛИЦЕНЗИАТ может создать (совместно именуемые «УЛУЧШЕНИЯ») исключительно в академических, некоммерческих целях и что любая копия ПРОГРАММЫ или ее производных должна распространяться только под той же лицензией, что и PROGRAM. Термины «академические, некоммерческие», используемые в настоящем Соглашении, означают академические или другие научные исследования, которые (а) не проводятся с целью получения прибыли или (б) не предназначены для производства работ, услуг или данных для коммерческого использования. , или (c) не проводится и не финансируется физическим или юридическим лицом, занимающимся коммерческим использованием, применением или эксплуатацией работ, аналогичных ПРОГРАММЕ.
- ЛИЦЕНЗИАТ соглашается с тем, что он должен делать следующее подтверждение в любой публикации, являющейся результатом использования ПРОГРАММЫ или любого перевода кода на другой компьютерный язык: «Обработка данных была выполнена с использованием пакета ptychography MATLAB cSAXS, разработанного Science IT, и последовательного программного обеспечения. Группы рентгеновского рассеяния (CXS), Институт Пауля Шеррера, Швейцария».
Кроме того, любая публикация с использованием пакета или любой перевод кода на другой компьютерный язык должны ссылаться на
(для PtychoShelves) К. Вакониг, Х.-К. Стадлер, М. Одстрчил, ЭХР Цай, А. Диас, М. Холлер, И. Усов, Дж. Раабе, А. Мензель, М. Гисар-Сикайрос, PtychoShelves, универсальная высокоуровневая структура для высокопроизводительного анализа шрифтографических изображений. данные, J. Appl. Крист. 53(2) (2020). (doi: 10.1107/S1600576720001776)
(для карты различий) П. Тибо, М. Дирольф, А. Мензель, О. Банк, К. Дэвид, Ф. Пфайффер, Сканирующая рентгеновская дифракционная микроскопия высокого разрешения, Science 321, 379-382 (2008). (doi: 10.1126/science.1158573).
(для максимального правдоподобия) П. Тибо и М. Гизар-Сикайрос, Уточнение максимального правдоподобия для когерентных дифракционных изображений, New J. Phys. 14, 063004 (2012). (doi: 10.1088/1367-2630/14/6/063004).
(для смешанных когерентных мод) П. Тибо и А. Мензель, Восстановление смесей состояний по дифракционным измерениям, Nature 494, 68-71 (2013). (doi: 10.1038/nature11806).
(и/или для мультисрезов) EHR Цай, И. Усов, А. Диас, А. Мензель и М. Гизар-Сикайрос, Рентгеновская птихография с увеличенной глубиной резкости, Опт. Экспресс 24, 29089-29108 (2016). (doi: 10.1364/OE.24.029089).
- За исключением вышеупомянутого подтверждения, ЛИЦЕНЗИАТ не имеет права использовать название ПРОГРАММЫ, названия или логотипы ЛИЦЕНЗИАРА, их любую адаптацию, а также имена кого-либо из своих сотрудников или лабораторий в любых рекламных, рекламных или торговых материалах без предварительного письменного уведомления. согласие, полученное от ЛИЦЕНЗИАРА в каждом случае.
- Право собственности на все права, включая авторские права на ПРОГРАММУ и любые связанные с ней материалы, всегда остается за ЛИЦЕНЗИАРОМ, и ЛИЦЕНЗИАТ обязуется сохранять их. ЛИЦЕНЗИАТ соглашается не использовать какую-либо часть ПРОГРАММЫ или каких-либо УЛУЧШЕНИЙ в любой машиночитаемой форме за пределами ПРОГРАММЫ, а также не делать никаких копий, кроме как для внутреннего использования, без предварительного письменного согласия ЛИЦЕНЗИАРА. ЛИЦЕНЗИАТ соглашается разместить на любых таких копиях следующее уведомление об авторских правах: @ Все права защищены. ИНСТИТУТ ПОЛА ШЕРРЕРА, Швейцария, Лаборатория макромолекул и биовизуализации, 2017.
- ЛИЦЕНЗИЯ не должна толковаться как предоставление каких-либо прав ЛИЦЕНЗИАТУ косвенно или иным образом, за исключением случаев, специально указанных в настоящем документе.
- ОТКАЗ ОТ ОТВЕТСТВЕННОСТИ: ЛИЦЕНЗИАТ должен осознавать, что компания Phase Focus Limited из Шеффилда, Великобритания, имеет международный портфель патентов и ожидающих рассмотрения заявок, касающихся шрифтографии, и что ПРОГРАММА может быть использована в обстоятельствах, которые могут подпадать под требования одного или нескольких из патенты Phase Focus, в частности патент с номером международной заявки PCT/GB2005/001464. ЛИЦЕНЗИАР прямо заявляет, что не возмещает убытки пользователям программного обеспечения в случае, если Phase Focus или любая другая третья сторона возбудит судебный иск против ЛИЦЕНЗИАТА из-за использования программы.
- Настоящее Соглашение регулируется материальным законодательством Швейцарии, и любые споры, возникающие в связи с настоящим Соглашением или использованием ПРОГРАММЫ, подлежат рассмотрению в судах Цюриха, Швейцария.
