seurat wrappers

СёраОбертки

SeuratWrappers — это коллекция предоставленных сообществом методов и расширений для Seurat, курируемая лабораторией Satija Lab в Нью-Йорке. Эти методы включают в себя функциональные возможности, которых в настоящее время нет в Seurat, и их можно обновлять гораздо чаще.

Пожалуйста, ознакомьтесь с нашим руководством по участию, чтобы получить помощь и рекомендации по разработке и добавлению новых методов в SeuratWrappers.

Отдельные примеры методов можно найти в каталоге docs/ . Мы рекомендуем просматривать стандартные файлы уценки ( *.md ) при просмотре на GitHub.

Установка может быть выполнена с помощью пульта дистанционного управления.

 remotes :: install_github( ' satijalab/seurat-wrappers ' )

Листинг методов

Упаковка	Виньетка	Ссылка	Источник
Монокль 3	Расчет траекторий с помощью Monocle 3 и Seurat	Цао и др., Природа, 2019 г.	https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3
scVelo	Оценка скорости РНК с использованием Seurat и scVelo	Берген и др., bioRxiv, 2019 г.	https://scvelo.readthedocs.io
КоГАПС	Запуск CoGAPS на объектах Сера	Стейн-О'Брайен и др., Cell Systems, 2019 г.	https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/CoGAPS.html
глмпка	Запуск GLM-PCA на объекте Сёра	Таунс и др., Геномная биология, 2019 г.	https://github.com/willtownes/glmpca
Конос	Интеграция наборов данных с помощью Conos	Баркас и др., Nature Methods, 2019 г.	https://github.com/hms-dbmi/conos
ЛИГЕР	Интеграция объектов Seurat с использованием LIGER	Уэлч и др., Cell, 2019 г.	https://github.com/MacoskoLab/liger
fastMNN	Запуск fastMNN на объектах Seurat	Природная Биотехнология 2018	https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/batchelor.html
Гармония	Интеграция наборов данных с помощью Harmony	Корсунский и др., bioRxiv 2018 г.	https://github.com/immunogenomics/harmony
АЛРА	Вменение с сохранением нуля с помощью ALRA	Линдерман и др., bioRxiv, 2018 г.	https://github.com/KlugerLab/ALRA
Скорость	Оценка скорости РНК с помощью Сёра	Ла Манно и др., Nature, 2018 г.	https://velocyto.org
шекс	Использование schex с Сёра	Фрейтаг, пакет R 2019	https://github.com/SaskiaFreytag/schex
Алевин	Импортируйте количество алевинов в Seurat.	Шривастава и др. др., Геномная биология 2019	https://github.com/k3yavi/alevin-Rtools
Туманность	Визуализация экспрессии генов с помощью Nebulosa	Хосе Алькисира-Эрнандес и Джозеф Э. Пауэлл, на рассмотрении	https://github.com/powellgenomicslab/Nebulosa
ЦИПР	Использование CIPR с данными PBMC человека	Экиз и др. др., BMC Биоинформатика 2020	https://github.com/atakanekiz/CIPR-Package
miQC	Запуск miQC на объектах Сёра	Хиппен и др. др., bioRxiv 2021	https://github.com/greenelab/miQC
трехколесный велосипед	Запуск Assessment_cycle_position с трехколесного велосипеда на объектах Сёра	Чжэн и др. др., bioRxiv 2021	https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tricycle.html