RCAS

проект RCAS

Введение

RCAS — это пакет R/Bioconductor, разработанный как универсальный инструмент отчетности для функционального анализа представляющих интерес областей транскриптома, обнаруженных в ходе высокопроизводительных экспериментов. Такими транскриптомными областями могут быть, например, пики сигналов, обнаруженные с помощью анализа CLIP-Seq для сайтов взаимодействия белок-РНК, сайты модификации РНК (также известные как эпитранскриптом), местоположения CAGE-меток или любой другой набор областей запроса на уровне транскриптом. RCAS создает подробные сводки аннотаций и профили покрытия на основе распределения областей запроса относительно особенностей транскрипта (экзоны, интроны, области 5'/3' UTR, границы экзонов и интронов, области промотора). Более того, RCAS может проводить анализ функционального обогащения и обнаружение дискриминационных мотивов. RCAS поддерживает все версии генома, доступные в BSgenome::available.genomes

установка:

Установка из Биокондуктора

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) install.packages("BiocManager")

BiocManager::install('RCAS')

Установка версии разработки с Github

 library('devtools')
devtools::install_github('BIMSBbioinfo/RCAS')

Установка через канал Bioconda

conda install bioconductor-rcas -c bioconda

Установка через Guix

guix package -ir r-rcas

использование:

Упаковка виньеток и справочное руководство

Подробные инструкции по использованию RCAS см.:

• виньетка для упаковки для анализа одной пробы
• пакетная инструкция для анализа нескольких проб
• справочное руководство для получения дополнительной информации о подробных функциях, доступных в RCAS.

Варианты использования из опубликованных наборов данных омикс на основе РНК

Вариант использования анализа нескольких образцов

• См. пример отчета, в котором сравниваются области пиков, обнаруженные в ходе экспериментов по секвенированию CLIP РНК-связывающего белка FUS, авторы Nakaya et al, 2013, Synaptic Functional Regulator FMR1, авторы Ascano et al. 2012, и фактор инициации эукариот 4A-III, автор Sauliere et al, 2012.

Варианты использования анализа одной выборки

• Отчет RCAS для сайтов связывания РНК PUM2, обнаруженных с помощью метода PAR-CLIP (Hafner et al, 2010)

  • ввод: PARCLIP_PUM2_Hafner2010b_hg19

• Отчет RCAS для сайтов связывания РНК QKI, обнаруженных с помощью метода PAR-CLIP (Hafner et al, 2010)

  • ввод: PARCLIP_QKI_Hafner2010c_hg19

• Отчет RCAS о сайтах связывания РНК IGF2BP123, обнаруженных с помощью метода PAR-CLIP (Hafner et al, 2010)

  • ввод: PARCLIP_IGF2BP123_Hafner2010d_hg19

• Отчет RCAS о локусах крошечных РНК (тиРНК), обнаруженных с помощью анализа deepCAGE (Taft et al. 2009)

  • ввод: human_FANTOM4_tiRNAs.bed

• Отчет RCAS для сайтов метилирования m ¹ A (Dominissini et al, 2016)

  • ввод: GSE70485_human_peaks.txt.gz

Цитирование

Чтобы процитировать RCAS, используйте:

Бора Уяр, Дилмурат Юсуф, Рикардо Вурмус, Николаус Раевски, Уве Олер, Алтуна Акалин; RCAS: РНК-центрическая система аннотаций для представляющих интерес областей транскриптома. Нуклеиновые кислоты Res 2017 gkx120. дои: 10.1093/нар/gkx120

Смотрите нашу публикацию здесь.

Благодарности

RCAS разработан в группе Алтуны Акалина (руководителя Научной платформы биоинформатики) Борой Уяром (ученым-биоинформатиком), Дилмуратом Юсуфом (ученым-биоинформатиком) и Рикардо Вурмусом (системным администратором) в Берлинском институте медицинской системной биологии (BIMSB) в Центр молекулярной медицины Макса Дельбрюка (MDC) в Берлине.

RCAS разработан как служба биоинформатики в рамках Центра биоинформатики RNA, который является одним из восьми центров Немецкой сети инфраструктуры биоинформатики (de.NBI).