Загрузка igv.js - Загрузка исходного кода igv.js

igv.js

Другой исходный код

3.0.8

Скачать

igv.js

igv.js — это встраиваемый интерактивный компонент визуализации генома, разработанный командой Integrative Genomics Viewer (IGV).

Ссылаясь на igv.js

Джеймс Т. Робинсон, Хельга Торвальдсдоттир, Дуглас Тернер, Джилл П. Месиров, igv.js: встраиваемая JavaScript-реализация средства просмотра интегративной геномики (IGV), Биоинформатика, том 39, выпуск 1, январь 2023 г., btac830, https://doi. org/10.1093/биоинформатика/btac830

Ниже приведены примеры и краткое руководство. Дополнительную документацию смотрите в документации разработчика.

Примеры

Выравнивания

Взаимодействия

Копировать номер

Несколько регионов

Формат аннотации мутации (MAF)

Варианты цвета

Более

Быстрый старт

Установка

igv.js состоит из одного файла JavaScript без каких-либо внешних зависимостей.

Предварительно созданные файлы для скриптов включают системы модулей AMD или CJS (igv.min.js) и модуль ES6 (igv.esm.min.js) можно загрузить с https://cdn.jsdelivr.net/npm/. [email protected]/dist/.

Чтобы импортировать igv как модуль ES6

 импортируйте igv из «https://cdn.jsdelivr.net/npm/[email protected]/dist/igv.esm.min.js»

Или как скрипт, включающий (определяет глобальное значение «igv»)

Альтернативно вы можете установить с помощью npm

npm install igv

и создайте соответствующий файл для вашей системы модулей (igv.min.js или igv.esm.min.js) в node_modules/igv/dist.

Использование

Чтобы создать браузер igv.js, укажите контейнер div и начальную конфигурацию, определяющую эталонный геном, начальные треки и другое состояние, для функции igv.createBrowser(div, config) .

Эта функция возвращает обещание для объекта igv.Browser, который можно использовать для управления браузером. Например, чтобы открыть браузер на одной дорожке выравнивания, открытой в определенном месте:

      var igvDiv = document.getElementById("igv-div");
      var options =
        {
            genome: "hg38",
            locus: "chr8:127,736,588-127,739,371",
            tracks: [
                {
                    "name": "HG00103",
                    "url": "https://s3.amazonaws.com/1000genomes/data/HG00103/alignment/HG00103.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
                    "indexURL": "https://s3.amazonaws.com/1000genomes/data/HG00103/alignment/HG00103.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram.crai",
                    "format": "cram"
                }
            ]
        };

        igv.createBrowser(igvDiv, options)
                .then(function (browser) {
                    console.log("Created IGV browser");
                })

Документация

Полная документация API igv.js доступна по адресу https://igv.org/doc/igvjs/.

Разработка

Требования

Для создания igv.js и запуска примеров требуется Linux или MacOS. Другие среды Unix, вероятно, будут работать, но они не тестировались.

Пользователи Windows могут использовать подсистему Windows для Linux.

Здание

Для сборки igv.js и запуска примеров требуется node.js.

git clone https://github.com/igvteam/igv.js.git
cd igv.js
npm install
npm run build

Это создает папку dist со следующими файлами

igv.js — файл UMDS для включения скриптов, модулей AMD или CJS. Включаемый сценарий определит глобальный объект «igv».
igv.min.js — уменьшенная версия igv.js
igv.esm.js — модуль ES6
igv.esm.min.js — уменьшенная версия igv.esm.js