Добро пожаловать в мир Дженово. Мы команда Shenzhen_BGIC_0101_2013. Пожалуйста, перейдите на страницу проекта для лучшего просмотра. :)
Модуль Neochr поможет пользователям вручную захватывать родственные гены в разных путях, логически перестраивать взаимосвязи генов* и заменять гены ортологами с более высоким баллом*.
NucleoMod — это модуль для модификации последовательности CDS генов, сгенерированной модулем Neochr. Этот модуль содержит 5 плагинов: дизайн CRISPR, удаление сайта фермента, создание сайта фермента, оптимизация кодонов, повторный удар. Все эти плагины позволяют пользователю изменять или оптимизировать ген. После работы NucleoMod следующим шагом является SegmMan для разработки синтетического метода в соответствии с длиной хромосомы.
Синтезатор или синтезирующий чип может с высокой точностью воспроизводить последовательность ДНК длиной до 3 КБ, но хромосома не такая уж и короткая. SegmMan может решить эту проблему: он разбивает хромосому на фрагменты по 30 тыс., после анализа возбужденных участков фермента продолжает сегментацию на фрагменты по 10 тыс. и 2 тыс. На уровнях 10k и 2k он добавит гомологичную область вектора и создаст сайты фермента.
============================================
Наше программное обеспечение полностью основано на JBrowse, который является следующим поколением GBrowse. Если у вас установлен JBrowse, просто извлеките git и используйте.
Чтобы установить JBrowse, посетите основную вики JBrowse по адресу http://gmod.org/wiki/JBrowse.
Краткое описание:
(/home/www is recommand and do not use /var/www/ as that need root permission)Chrome, Firefox, and IE10 is recommandВам нужно изменить разрешение Apache, отредактировав /etc/apache2/envvars.
export APACHE_RUN_USER=`whoami`
export APACHE_RUN_GROUP=`whoami`
И
sudo chown `whoami`:`whoami` /var/lock/apache2/
sudo /etc/init.d/apache2 restart
Writable data, plugin/tmp_data, server/tmp_data, jbrowse_conf.json
Executable ./bin/ ./server/bin/ ./plugin/bin
Скопируйте плагины/, сервер/ в Jbrowse.
NucleoMod зависит от Blast+, поэтому, если вы используете систему на базе Debian:
apt-get install ncbi-blast+
Или вы можете установить с:
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/
Загрузите и установите UNAFoldt и Biopython с:
- UnaFold http://dinamelt.rit.albany.edu/download.php
git is needed
=============================================== =
./data/
|-NeoChr_5_add # NeoChr Plugin, name as "NeoChr_{weekday}"
|---01.whole2mega # SegmMan plugin data
|---02.globalREmarkup # SegmMan plugin data
|---03.mega2chunk2mini # SegmMan plugin data
|---chip_data # chip design
|---names # prefix for search
|---seq # crc32 encode refsequence name path
|-----d7f
|-------417
|---------f1
|---tracks # track display in browser
|-----gene # track cluster
|-------NeoChr # Genome Name
|-----part
|-------NeoChr
|-----Transcript
|-------NeoChr
./server/
|-bin
|---chip_new # create new chip data
|-----ols-pool-generation-script
|-------output-oligos-and-primers
|---GetPrice # fetch enzyme price
|---segmentation # SegmMod plugin
|-config # plugins config data
|---features
|---geneset
|---globalREmarkup
|---markers
|---Optimize
|-doc # document about plugins
|-lib # library used
|-pathway # pathway data used
|-REST # end-side REST implement
|-------chip
|-------features
|-------modify
|-------Segmentation
|-------stats
|---config
|-rewire
base_url = server/REST/index.php
# output genes data by refname and pos
GET base_url/features/SearchByLocation?refname&start&end
POST base_url/features/delete
# output git verison control for unroll data
GET base_url/stats/version/(?<dataset>w+)
# get pathway resource
GET base_url/pathway/nav
# create and decouple from order genelist data
POST base_url/decouple?refname&
# add loxp, centremele, ARS and so on
POST /modify/Add
# SegmMod plugin
POST /Segmentation/globalREmarkup
/Segmentation/mega2chunk2mini
/Segmentation/whole2mega
GET /Segmentation/info
# Nucleo plugin
POST /NucleoMod
# chip plugin
POST /chip/chip
GET /stats/config
# for get downloadable data information
GET /data/info
Кроме того, наша серверная реализация является гибкой. Пользователь может настроить данные на стороне сервера для использования энергии.
=============================================== =
##Бронзовая медаль
Примечание. Наше гигантское программное обеспечение предназначено для работы Biobrick на уровне устройства на основе синтезированных фрагментов ДНК. Но на уровне биокирпичиков второй модуль также может помочь пользователям создавать гены, например, удалять EcorI, XbaI, SpeI, PstI, Not I в CDS, оптимизировать кодоны и уничтожать повторы.
Поскольку наш проект очень большой и расширяемый, по крайней мере 5 идей не могут быть реализованы из-за ограничений по времени.
Для третьего модуля SegmMan у нас есть дополнительный метод проектирования и синтеза чипа OLS (ссылка), так что Genovo совместим как с синтезатором, так и с чипом.
Текстовый учебник
У нас есть команда разработчиков программного обеспечения Shenzhen_BGIC_ATCG, которая использует второй модуль для проектирования своих генов.
Проект SC2.0 также опробовал модуль SegmMan для сегментации chrVII.
2. Опишите и подробно опишите, как ваше программное обеспечение влияет на человеческие практики в синтетической биологии.
Делиться:
Инновации:
Реклама:
Мы пытались продать футболки нашей команды людям из BGI.
2 .B Используйте SBOL в документации к программному обеспечению.
Мы используем SBOL в качестве одного из результатов первого модуля для описания генов в новом созданном пути.
Проектирование деталей или устройств BioBrick:
Изготовление деталей или устройств BioBrick:
