congas

Генотипирование числа копий на основе секвенирования scRNA

Набор моделей и функций Pyro для определения CNA на основе данных scRNA-seq. Он поставляется с сопутствующим пакетом R, который работает как интерфейс и обеспечивает процедуры предварительной обработки, моделирования и визуализации. Мы предлагаем использовать пакет R напрямую, поскольку он в основном служит серверной частью вычислений.

В настоящее время предоставляет:

• Модель смеси на сегментах, где CNV моделируются как случайная величина LogNormal (MixtureGaussian).

• Модель смеси на сегментах, где CNV моделируются как категориальная случайная величина (MixtureCategorical).

• Простой Хмм, где CNV снова категоричны, но кластеризации нет (SimpleHmm)

Чтобы установить:

$ pip install congas-old

Выполнение простого анализа данных примера

 импортировать congas как cnfrom congas.models