straw

Straw: быстрая потоковая передача данных из файлов .hic.

Straw — это библиотека, которая позволяет быстро передавать контактные данные из файлов .hic. Этот репозиторий содержит исходный код для версий Straw на C++, R, Python и MATLAB.

• Информацию о версии Java см.: https://github.com/aidenlab/java-straw/.
• Версию Javascript см.: https://github.com/igvteam/hic-straw/.

Существует две версии Python: чистая версия Python и одна, которая оборачивает код C++ с помощью pybind11. Предыдущая версия устарела в пользу использования версии pybind11, которая намного быстрее.

• В архивных целях чистая версия Python была перенесена по адресу: https://github.com/aidenlab/pystraw.

Пример использования соломы в блокноте Jupyter можно найти здесь: https://aidenlab.gitbook.io/juicebox/accessing-raw-data

Установить соломинку для питона

Используйте pip install hic-straw . Если вы хотите выполнить сборку из исходного кода, у вас должен быть установлен pybind11. Клонируйте библиотеку и cd в каталог straw/ . Затем pip install ./pybind11_python .

Скомпилировать соломинку для C++

g++ -std=c++0x -o straw main.cpp straw.cpp -lcurl -lz

У вас должен быть установлен cURL. Пожалуйста, посетите вики для получения дополнительной документации.

По вопросам обращайтесь в группу Google.

Текущую работу по развитию проводит Мухаммад С. Шамим. В число прошлых участников входят Нева К. Дюран и многие другие.

Если вы используете этот инструмент в своей работе, пожалуйста, укажите

Нева К. Дюран, Джеймс Т. Робинсон, Мухаммад С. Шамим, Идо Мачол, Джилл П. Месиров, Эрик С. Ландер и Эрез Либерман Эйден. «Juicebox предоставляет систему визуализации карт контактов Hi-C с неограниченным масштабированием». Клеточные системы 3(1), 2016.