PubData

Публичные данные

Умная поисковая система по всем базам данных биоинформатики по всему миру

О

PubData — это поисковая система и система поиска файлов для всех баз данных биоинформатики по всему миру. PubData выполняет поиск биомедицинских данных FTP удобным для пользователя способом, аналогично тому, как PubMed ищет биомедицинскую литературу. PubData размещается как веб-приложение и отдельная программа с графическим пользовательским интерфейсом (GUI), а PubMed размещается как онлайн-веб-сервер. PubData построен на новых алгоритмах сетевого программирования и обработки естественного языка, которые могут подключаться к FTP-серверам любой указанной пользователем базы данных биоинформатики, запрашивать ее содержимое и извлекать файлы для загрузки.

PubData написан на языке программирования Python (в частности, Django и PyQt4). PubData может удаленно искать, получать доступ, просматривать и извлекать файлы из глубоко вложенных деревьев каталогов любой крупной базы данных биоинформатики через локальную компьютерную сеть. Собирая все основные базы данных биоинформатики под крышей одной программы, PubData позволяет пользователю избежать ненужных хлопот и нестандартизированных сложностей, присущих доступу к базам данных одна за другой с помощью интернет-браузера. Что еще более важно, он позволяет пользователю одновременно запрашивать несколько баз данных по заданным пользователем ключевым словам (например, human , cancer , transcriptome ). Таким образом, PubData позволяет исследователям искать, получать доступ, просматривать и загружать файлы с FTP-серверов любой крупной базы данных биоинформатики непосредственно из одного централизованного места. Используя только графический интерфейс или веб-приложение, PubData позволяет пользователю одновременно просматривать несколько биоинформатических FTP-серверов непосредственно со своего локального компьютера.

Пожалуйста, цитируйте: «Хомчук и др.: «PubData: поисковая система для баз данных биоинформатики по всему миру», 2016: http://dx.doi.org/10.1101/069575» в любом источнике, в котором используются любые методы, вдохновленные PubData .

Пользовательский интерфейс веб-сервера PubData

Результаты поиска веб-сервера PubData

Инструкции по установке двоичного исполняемого файла PubData

Требования

• Питон >= 2.7

Линукс:

• Убедитесь, что у вас установлен Python 2.7.
• Необходимые библиотеки Python: PyQt4, PyQt.
• Git клонирует каталог PubData .
• Перейдите в каталог /interface.
• Запустите «python GUI.py».
• Если вам не хватает библиотеки Python, она сообщит вам об этом при запуске.

Скриншоты графического интерфейса

Когда вы открываете PubData , сначала выберите базу данных биоинформатики для входа в систему:

Выполнен вход в базу данных системы классификации PANTHER (Анализ белков через эволюционные отношения):

Если вы не видите любимую базу данных в списке, вы можете вставить ее самостоятельно (удобно для недавно опубликованных баз):

Допустим, вы хотите выполнить поиск в Google по нескольким базам данных одновременно:

Поиск по ключевым словам файлов ChIP-seq в этих выбранных базах данных (также можно использовать несколько ключевых слов):

Показаны все релевантные результаты поиска, относящиеся к файлам ChIP-seq, во всех выбранных базах данных:

Поиск по ключевым словам файлов RNA-seq в этих выбранных базах данных (также можно использовать несколько ключевых слов):

Показаны все соответствующие результаты поиска, относящиеся к файлам RNA-seq (из выбранных баз данных):