spfy

spfy : Платформа для прогнозирования подтипов на основе полногеномных последовательностей E.coli и построения графических данных для сравнительного анализа в масштабах всей популяции.

Опубликовано как: Le, KK, Whiteside, MD, Hopkins, JE, Gannon, VPJ, Laing, CR spfy : интегрированная графовая база данных для прогнозирования бактериальных фенотипов в реальном времени и последующего сравнительного анализа. База данных (2018) Том. 2018: идентификатор статьи bay086; doi: 10.1093/база данных/bay086

Прямой эфир: https://lfz.corefacility.ca/superphy/spfy/

Использовать:

1. Установите Docker (и Docker-Compose отдельно, если вы используете Linux, ссылка). Пользователи Mac/Windows имеют Compose в комплекте с Docker Engine.
2. git clone --recursive https://github.com/superphy/spfy.git
3. cd spfy /
4. docker-compose up
5. Посетите http://localhost:8090.
6. Съесть торт?

Статусы сборки подмодуля:

ECTyper:

Панпредик:

Образ Docker для Conda:

Статистика:

Сравнение различных групп населения:

Время выполнения модулей подтипирования:

CLI: создание файлов графиков:

• Если вы хотите создавать только графики rdf (сериализованные в виде файлов черепахи):

1. Сначала установите miniconda и активируйте среду с https://raw.githubusercontent.com/superphy/docker-flask-conda/master/app/environment.yml.
2. перейдите в папку приложения (из которой обычно запускаются рабочие RQ): cd app/
3. Запустите savvy.py следующим образом: python -m modules/savvy -i tests/ecoli/GCA_001894495.1_ASM189449v1_genomic.fna , где аргумент после -i — это файл вашего генома (FASTA).

CLI: Создать онтологию:

Онтология для spfy доступна по адресу: https://raw.githubusercontent.com/superphy/backend/master/app/scripts/spfy_ontology.ttl. Она была создана с использованием https://raw.githubusercontent.com/superphy/backend/master. /app/scripts/generate_ontology.py с общими функциями из внутреннего кода spfy . Если вы хотите запустить его, выполните: 1. cd app/ 2. python -m scripts/generate_ontology который поместит онтологию в app/

Вы можете создать красивую диаграмму из файла .ttl, используя http://www.visualdataweb.de/webvowl/.

CLI: задачи постановки подтипов в очередь без Reactapp:

Примечание

в настоящее время настроен только для файлов .fna

Вы можете обойти интерфейсный веб-сайт и по-прежнему ставить в очередь задания по подтипированию:

1. Сначала смонтируйте каталог хоста со всеми файлами вашего генома в /datastore в контейнерах.

Например, если вы храните свои файлы в /home/bob/ecoli-genomes/ , вам следует отредактировать файл docker-compose.yml и заменить его:

 volumes :
- /datastore

с:

 volumes :
- /home/bob/ecoli-genomes:/datastore

2. Затем удалите композицию докера (если она работает) и перезапустите ее.

docker-compose down
docker-compose up -d

3. Перетащите его в контейнер веб-сервера (хотя рабочие контейнеры тоже подойдут) и запустите скрипт.

docker exec -it backend_webserver_1 sh
python -m scripts/sideload
exit

Обратите внимание, что в папке вашего генома могут создаваться повторные версии.

Архитектура:

Dock-изображение	Порт с	Имя с	Описание
задняя часть - rq	80/тцп, 443/тцп	back end_wor ker_1	основные работники очереди Redis
задняя часть - rq-b laze Graph h	80/тцп, 443/тцп	back end_wor ker- blaz egra ph-i ds_ 1	это соотношение генов les spfy ID для базы данных blaz egra ph
задняя часть	0,0. 0.0: 8000 -> 80/tcp, 443/tcp	back end_web -ngi nx-u wsgi _1	серверная часть колбы, которая обрабатывает задачи очередей
супер rphy/bla zegr aph: 2.1. 4 дюйма	0,0. 0,0: 8080 ->80 80/t cp	back end_bla zegr aph_1	База данных Blaz egra ph
реди с:3. 2	6379 /TCP	задний конец_красный is_ 1	База данных Redi
Реакционный тапп	0,0. 0,0: 8090 ->50 00/t cp	back end_rea ctap p_1	от t-en d до spfy

Дополнительная информация:

Образ superphy/backend-rq:2.0.0 является масштабируемым : вы можете создать столько экземпляров, сколько вам нужно/имеете вычислительную мощность. Образ отвечает за прослушивание очереди multiples (12 рабочих процессов), которая обрабатывает большинство задач, включая вызовы RGI . Он также прослушивает очередь singles (1 рабочий), в которой выполняется ECTyper . Это сделано потому, что RGI — самая медленная часть уравнения. Управление работниками осуществляется supervisor .

Образ superphy/backend-rq-blazegraph:2.0.0 не масштабируется: он отвечает за запрос к базе данных Blazegraph на наличие повторяющихся записей и за присвоение идентификаторов spfy в последовательном порядке. Его функции сведены к минимуму для повышения производительности (поскольку генерация идентификаторов является единственным узким местом в параллельных конвейерах); Сравнения выполняются с помощью хэшей sha1 отправленных файлов, а идентификаторы недубликатов зарезервированы путем связывания сгенерированного идентификатора spfy с хэшем файла. Управление работниками осуществляется supervisor .

superphy/backend:2.0.0 , который запускает конечные точки Flask, использует supervisor для управления внутренними процессами: nginx , uWsgi .

Блейзграф:

• В настоящее время мы используем Blazegraph версии 2.1.4. Если вы хотите запустить Blazegraph отдельно, используйте ту же версию, иначе могут возникнуть проблемы с URL-адресами/возвратами конечных точек (а именно версия 2.1.1). См. № 63. Альтернативно измените конечную точку соответствующим образом в database['blazegraph_url'] в /app/config.py

Содействие:

Шаги, необходимые для добавления новых модулей, описаны в Руководстве разработчика.