baad
veau2002, dictionary
База данных биомассы и аллометрии (BAAD) содержит данные о построении древесных растений по всему миру. Эти данные были собраны из более чем 170 опубликованных и неопубликованных научных исследований, большинство из которых ранее не были доступны в открытом доступе. Мы надеемся, что предоставление этих данных улучшит нашу способность понимать рост растений, динамику экосистем и круговорот углерода в древесной растительности мира. Набор данных описан далее в публикации
Фальстер, Д.С., Р.А. Дуурсма, М.И. Исихара, Д.Р. Барнеш, Р.Г. ФитцДжон, А. Вархаммар, М. Айба, М. Андо, Н. Антен, М.Дж. Аспинволл, Дж.Л. Бальцер, К. Баралото, М. Батталья, Джей Джей Баттлс, Б. Бонд-Ламберти, М. Ван Брейгель, Ж. Камак, И. Клаво, Л. Колл, М. Даннура, С. Делагранж, Дж. К. Домек, Ф. Фатеми, В. Фенг, В. Гаргальоне, И. Гото, А. Хагихара, Дж. С. Холл, С. Гамильтон, Д. Харья, Т. Хиура, Р. Холдэуэй, Л. С. Хатли, Т. Ичи, Э. Дж. Джокела, А. Кантола, Дж. В. Дж. Келли, Т. Кензо, Д. Кинг, Б.Д. Клоппель, Т. Кохьяма, А. Комияма, Дж. П. Лаклау, Ч. Х. Ласк, Д. А. Магуайр, Дж. Ле Мэр, А. Мякеля, Л. Маркестейн, Дж. Маршалл, К. Маккало, И. Мията, К. Мокани, С. Мори, Р. В. Мистер, М. Нагано, С. Л. Найду, И. Нувеллон, А. П. О'Грэйди, К. Л. О'Хара, Т. Оцука, Н. Осада, О.О. Осункоя, П.Л. Пери, А.М. Петритан, Л. Пуртер, А. Портсмут, К. Потвин, Дж. Рансейн, Д. Рид, СК Рибейро, С.Д. Робертс, Р. Родригес, А. Салданья-Акоста, И. Санта-Регина, К. Саса, Н.Г. Селая, СК Силлетт, Ф. Стерк, К. Такаги, Т. Танге, Х. Танучи , D Ткань, Т. Умехара, Х. Уцуги, М. А. Вадебонкёр, Ф. Валладарес, П. Ваннинен, Дж. Р. Ван, Э. Венк, Р. Уильямс, Ф. де Акино Хименес, А. Ямаба, Т. Ямада, Т. Ямакура, Р. Д. Янаи и Р. А. Йорк (2015) BAAD: база данных биомассы и аллометрии древесных растений. Экология 96 : 1445–1445. 10.1890/14-1889.1
На момент публикации BAAD содержал 258 526 измерений, собранных в 175 различных исследованиях с участием 20 950 особей 674 видов. Подробная информация об отдельных исследованиях, внесенных в BAAD, доступна в этих онлайн-отчетах.
Данные в BAAD публикуются в соответствии с отказом от общественного достояния Creative Commons Zero и поэтому могут быть повторно использованы без ограничений. В знак признания работы, проделанной при создании базы данных, мы просим вас цитировать приведенную выше статью или, если вы используете данные только одного или нескольких отдельных исследований, оригинальные статьи, если хотите.
Существует два варианта доступа к данным в BAAD.
Вы можете скачать скомпилированную версию базы данных по адресу:
RБаза данных содержит следующие элементы
data : объединенный набор данных (таблица) со столбцами, определенными в dictionarydictionary : таблица определений переменныхmetadata : таблица со столбцами «Имя исследования», «Тема», «Описание», содержащая письменную информацию о методах, использованных для сбора данных.methods : таблица со столбцами, как в данных, но содержащая код методов, используемых для сбора данных. Коды см. в файле config/methodsDefinitions.csv.references : как сводная таблица, так и записи в бибтексе, содержащие первоисточник для каждого исследования.contacts : таблица с контактной информацией и филиалами для каждого исследования. Эти элементы доступны по обеим вышеуказанным ссылкам в виде серии CSV-файлов и текстовых файлов. Если вы используете R , лучший способ доступа к данным — через наш пакет baad.data. После установки пакета (инструкции здесь) пользователи могут запустить
baad.data :: baad_data( " 1.0.0 " )скачать версию, хранящуюся в Экологическом архиве, или
baad.data :: baad_data( " x.y.z " )для загрузки более ранней или более новой версии (где номера версий будут соответствовать рекомендациям по семантическому управлению версиями. Пакет baad.data кэширует все, поэтому последующие вызовы, даже между сеансами, выполняются очень быстро. Это должно способствовать большей воспроизводимости, упрощая зависимость от версию, используемую для конкретного анализа, и позволяющую различным анализам использовать разные версии базы данных.
Более подробную информацию о различных версиях и изменениях между версиями можно найти на странице выпусков github и в CHANGELOG.
BAAD задуман как живая база данных — мы будем периодически выпускать новые версии по мере добавления новых данных. Эти обновления будут соответствовать изменениям номера версии этого ресурса, и каждая версия базы данных будет доступна на github и через пакет baad.data. Если вы используете этот ресурс для опубликованного анализа, обратите внимание на номер версии в вашей публикации. Это позволит любому в будущем вернуться и найти точно ту же версию данных, которую вы использовали.
BAAD можно перестроить из исходного кода (файлов необработанных данных) с помощью нашего сценария рабочего процесса в R. Помимо базового R, для создания BAAD требуется пакет «remake». Чтобы установить ремейк, из R выполните:
# installs the package devtools
install.packages("devtools")
# use devtools to install remake
devtools::install_github("richfitz/remake")
Также требуется ряд других пакетов ( rmarkdown, knitr, knitcitations, plyr, whisker, maps, mapdata, gdata, bibtex, taxize, Taxonstand, jsonlite ). Их можно установить либо в R с помощью install.packages , либо, что проще, с помощью remake (инструкции ниже).
Затем базу данных можно перестроить с помощью remake.
Сначала загрузите код и необработанные данные либо из Экологического архива, либо из github в виде zip-файла, либо клонировав репозиторий baad:
git clone [email protected]:dfalster/baad.git
Затем откройте R и установите загруженную папку в качестве рабочего каталога. Затем,
# ask remake to install any missing packages
remake::install_missing_packages()
# build the dataset
remake::make("export")
# load dataset into R
baad <- readRDS('export/baad.rds')
Копия набора данных была сохранена в папке export как в формате rds (сжатые данные для R), так и в виде файлов csv.
Вы можете воспроизвести любую версию BAAD, проверив соответствующий созданный коммит или воспользовавшись ссылками, представленными на вкладке «Выпуски». Например, чтобы воспроизвести базу данных версии 1.0.0, соответствующую статье по экологии и рукописи, отправленной в экологию:
git checkout v1.0.0
Затем в R запустите
remake::make("export")
remake::make("manuscript")
Мы приветствуем дальнейший вклад в BAAD.
Если вы хотите предоставить данные, требования следующие:
Ознакомьтесь с этими инструкциями о том, как подготовить и отправить свой вклад.
Как только будет предоставлено достаточно дополнительных данных, мы планируем представить обновленную версию первого документа с данными, пригласив в качестве соавторов всех, кто внес свой вклад после первого документа с данными.
Мы чрезвычайно благодарны всем, кто предоставил данные. Мы также хотели бы выразить признательность следующим источникам финансирования для поддержки сбора данных. Д.С. Фальстер, А. Форхаммер и Д.Р. Барнеш работали над грантом на открытие ARC компании Falster (DP110102086) и стартовым грантом UWS для RA Duursma. RG FitzJohn получил поддержку Фонда поддержки науки и промышленности (RP04-174). М. Ишихара получил поддержку Фонда экологических исследований и развития технологий (S-9-3) Министерства окружающей среды Японии.
