cameo

Cameo — компьютерная метаболическая инженерия и оптимизация

Что такое камео?

Cameo — это библиотека Python высокого уровня, разработанная для облегчения процесса проектирования штаммов в проектах метаболической инженерии. Библиотека предоставляет модульную структуру методов моделирования и деформационного проектирования, предназначенную для разработчиков, желающих разрабатывать новые алгоритмы проектирования и пользовательские рабочие процессы анализа. Более того, он предоставляет высокоуровневый API пользователям, которые просто хотят рассчитать многообещающие конструкции штаммов.

Любопытный? Зайдите на сайт try.cameo.bio и попробуйте.

Пожалуйста, укажите https://doi.org/10.1021/acssynbio.7b00423, если вы использовали камею в научной публикации.

Установка

Используйте pip для установки камеи из PyPI.

 $ pip install камео

Если вы загрузили или клонировали исходный код с GitHub или своего собственного форка, вы можете запустить следующую команду, чтобы установитьcameo для разработки.

 $ pip install -e <путь к репозиторию-камео> # рекомендуется

Возможно, вам придется запускать эти команды с правами администратора, если вы не используете виртуальную среду (например, с помощью sudo ). Пожалуйста, проверьте документацию для получения более подробной информации.

Документация и примеры

Документация доступна на сайтеcameo.bio. Многочисленные блокноты Jupyter содержат примеры и учебные пособия, а также являются частью документации. Они также доступны в исполняемой форме на (try.cameo.bio). Кроме того, здесь доступны учебные материалы для двухдневного курса по проектированию заводов по производству ячеек.

Высокоуровневый API (для пользователей)

Вычислите стратегии инженерии штаммов для желаемого продукта в ряде организмов-хозяев, используя интерфейс высокого уровня (время выполнения составляет порядка часов).

 из дизайна импортаcameo.api
дизайн (продукт = 'L-серин')

Выход

API высокого уровня также можно вызвать из командной строки.

 $камео дизайн ванилин

Для получения дополнительной информации запустите

 $ камео --help

Низкоуровневый API (для разработчиков)

Найдите цели для нокаута генов, используя эволюционные вычисления.

 из импортированных камео-моделей
изcameo.strain_design.heuristic import GeneKnockoutOptimization
изcameo.strain_design.heuristic.objective_functions import biomass_product_coupled_yield

модель = models.bigg.e_coli_core
obj = biomass_product_coupled_yield(
    model.reactions.Biomass_Ecoli_core_w_GAM,
    модель.реакции.EX_succ_e,
    модель.реакции.EX_glc_e)
ko = GeneKnockoutOptimization(модель=модель, Object_function=obj)
ko.run(max_evaluations=50000, n=1,mutation_rate=0,15, indel_rate=0,185)

Выход

Прогнозируйте гетерологичные пути для желаемого химического вещества.

 изcameo.strain_design import path_prediction
предиктор = path_prediction.PathwayPredictor(модель)
пути = предиктор.run(product="ванилин")

Выход

Взносы

... очень приветствуются! Пожалуйста, прочтите руководство, чтобы узнать, как внести свой вклад.