siar

СИАР v4.2.4.XXXX

Анализ стабильных изотопов в R - пакет

НЕ ИСПОЛЬЗУЙТЕ ЭТОТ ПАКЕТ, СИАР!!!!

• ВАЖНО: SIAR больше не существует (мертв, ушел, закончился).
  • Для подгонки эллипсов и выпуклых оболочек используйте пакеты SIBER.
  • Пожалуйста, используйте пакет MixSIAR для подбора моделей смешивания, который предлагает новейший набор опций для включения линейных ковариат и иерархических случайных эффектов среди других новых разработок. Вы также можете использовать пакет simmr для установки простых или облегченных версий моделей микширования.

Парнелл, А.С., Ингер Р., Беархоп, С. и Джексон, А.Л. 2010. Разделение источников с использованием стабильных изотопов: борьба со слишком большими вариациями. PLoS ONE, 5(3), e9672 . дои

Версия 4.2.4.ХХХХ

• SIAR сейчас прекратил свое существование.
  • Для подгонки эллипсов и выпуклых оболочек используйте пакеты SIBER.
  • Пожалуйста, используйте пакет MixSIAR для подбора моделей смешивания, который предлагает новейший набор опций для включения линейных ковариат и иерархических случайных эффектов среди других новых разработок. Вы также можете использовать пакет simmr для установки простых или облегченных версий моделей микширования.

Версия 4.2.4

• добавьте аргумент «color.src» (с 20 различными цветами, установленными по умолчанию) в функции «siarplotdatawrapper» и «siarplotdata», при этом пользователь может самостоятельно устанавливать цвета для исходных элементов.
• изменил вывод функции 'siarhdrs' с c("Низкий 95% hdr", "Высокий 95% hdr", "mode", "mean") на c("Mean", "SD", "2.5%", " 5%», «25%», «50%», «75%», «95%», «97,5%») по умолчанию.
• добавить возвращаемое значение для функции siarhdrs.

Версия 4.2.3 20 февраля 2018 г.

• включены ошибки из 4.2.2.9000.
• исправлены ошибки при маркировке достоверных интервалов, выводимых siarproportionbysourceplot и siarproportionbygroupplot .

Версия 4.2.2.9000 Исправление от 28 марта 2017 г.

• Обновление пакета spatstat сломало Siar. Он заменен на spatstat.utils в исправлении в основной ветке.

Исправления версии 4.2.2:

• ошибка в вызове .C() для одной группы потребительских данных, возникающая из-за того, что фрейм данных не был автоматически приведён к двойному формату. Приведение теперь имеет вид as.double(as.matrix(some.data)). Это устраняет error: not a matrix

В версии 4.2.1 исправлены:

• ошибка в подпрограммах SIBER в дистрибутивах Linux при вызове bayesm:rmultireg через siar:bayesMVN, обнаруженная https://github.com/lsaravia
• Аргумент siardensityplot() main="my Awesome Graph" теперь работает.
• ширина строк во всех файлах *.Rd теперь находится в пределах 90 символов для создания PDF-файлов.
• очищены некоторые экземпляры вызовов кварца(), которые ни в коем случае не используются.

Установка СИАР

Вы можете установить непосредственно с GitHub, если у вас установлен пакет devtools. Но вам действительно не следует. Этот пакет больше не поддерживается и не поощряется, и это только

	library( devtools )
	install_github( " andrewljackson/siar@master " , build_vingettes = TRUE )
	library( siar )

Учебники, помощь и помощь

Для начала работы с SIAR доступен ряд материалов со ссылками на файлы примеров, видеоподкасты, учебные пособия и т. д., доступные по адресу http://www.tcd.ie/Zoology/research/groups/jackson/projects/siar. php. На https://github.com/AndrewLJackson/SIAR-examples-and-queries также есть дополнительные файлы и примеры, и в какой-то момент в будущем я объединим эти различные файлы в этот репозиторий git и/или сопутствующий веб-сайт git. Также обратите внимание, что в настоящее время я работаю над крупным обновлением SIBER, которое в какой-то момент будет удалено из пакета SIAR https://github.com/AndrewLJackson/SIBER-sandbox.

Благодарности

Спасибо Натали Купер за помощь с инструкциями по установке Github и общие советы по Git!

Публикации

Джексон, А.Л., Парнелл, А.К., Ингер Р. и Беархоп, С. 2011. Сравнение ширины изотопных ниш между сообществами и внутри них: SIBER – Байесовские эллипсы стабильных изотопов в R. Journal of Animal Ecology, 80, 595-602. дои

Парнелл, А.С., Ингер Р., Беархоп, С. и Джексон, А.Л. 2010. Разделение источников с использованием стабильных изотопов: борьба со слишком большими вариациями. PLoS ONE, 5(3), e9672 . дои