intervene

Вмешаться

инструмент для пересечения и визуализации множества наборов генов или геномных областей

Документация

Подробная документация доступна в различных форматах: HTML | PDF | ePUB

Установка

Быстрая установка с помощью Conda

conda install -c bioconda intervene

Это установит все зависимости, и вы будете готовы использовать Intervene.

Установить с помощью pip

Вы можете установить Intervene из PyPi, используя pip.

Установить из PyPi:

 pip install вмешаться

Примечание. Если вы устанавливаете с помощью pip, обязательно установите пакеты BEDTools и R, перечисленные ниже.

Для работы Intervene требуются следующие модули Python и пакеты R:

• Python (=> 3.3): https://www.python.org/
• BedTools (последняя версия): https://github.com/arq5x/bedtools2.
• pybedtools (>= 0.7.9): https://daler.github.io/pybedtools/
• Панды (>= 0.16.0): http://pandas.pydata.org/
• Сиборн (>= 0.7.1): http://seaborn.pydata.org/
• Р (>= 3.0): https://www.r-project.org/
• Пакеты R, включая UpSetR (v1.4.0), corrplot

Установить BEDTools

Мы используем pybedtools, который является оболочкой Python для BEDTools. Поэтому перед использованием Intervene следует установить BEDTools. Рекомендуется использовать последнюю версию, но если у вас уже установлена ​​более старая версия, все будет в порядке.

Быстрая установка, если у вас установлен conda.

conda install -c bioconda bedtools

Пожалуйста, прочтите инструкции на https://github.com/arq5x/bedtools2 по установке BEDTools и убедитесь, что он находится на вашем пути и вы можете вызывать Bedtools из любого каталога.

Установите необходимые пакеты R.

Для работы Intervene требуются три пакета R: UpSetR, corrplot для визуализации и Cairo для создания высококачественных векторных и растровых изображений.

install.packages(c( " UpSetR " , " corrplot " , " Cairo " ))

Установить Intervene из исходного кода

Вы можете установить версию для разработки с помощью git из GitHub или Bitbucket.

Установите версию разработки из Bitbucket

Если у вас установлен git, используйте это:

git clone https://bitbucket.org/CBGR/intervene.git
cd intervene
python setup.py sdist install

Установите версию для разработки с GitHub.

Если у вас установлен git, используйте это:

git clone https://github.com/asntech/intervene.git
cd intervene
python setup.py sdist install

Как использовать вмешательство

После установки Intervene вы можете ввести:

intervene --help

Появится следующее справочное сообщение.

usage: intervene < subcommand > [options]

positional arguments < subcommand > :
  {venn,upset,pairwise}
                        List of subcommands
    venn                Venn diagram of intersection of genomic regions or list sets (upto 6-way).
    upset               UpSet diagram of intersection of genomic regions or list sets.
    pairwise            Pairwise intersection and heatmap of N genomic region sets in < BED/GTF/GFF > format.

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -v, --version         show program ' s version number and exit

чтобы увидеть справку по трем подкомандам pairwise , venn и upset типом:

intervene pairwise --help

intervene venn --help

intervene upset --help

Запустите Intervene на тестовых данных

Чтобы запустить Intervene с использованием данных примера, используйте следующие команды. Чтобы получить доступ к тестовым данным, убедитесь, что у вас есть доступ sudo или root .

intervene pairwise --test

intervene venn --test

intervene upset --test

Если вы установили Intervene локально из исходного кода, у вас могут возникнуть проблемы с поиском тестовых данных. Вы можете скачать тестовые данные здесь https://github.com/asntech/intervene/tree/master/intervene/example_data и указать на них, используя -i вместо --test .

./intervene/intervene venn -i intervene/example_data/ENCODE_hESC/ * .bed
./intervene/intervene upset -i intervene/example_data/ENCODE_hESC/ * .bed
./intervene/intervene pairwise -i intervene/example_data/dbSUPER_mm9/ * .bed

Три вышеуказанные тестовые команды генерируют следующие три цифры (a, b и c).

По умолчанию ваши результаты будут храниться в текущем рабочем каталоге с папкой с именем Intervene_results . Если вы хотите сохранить результаты в определенной папке, вы можете ввести:

 вмешаться расстроить --test --output ~/путь/к/вашей/папке

Интерактивное блестящее приложение

Приложение Intervene Shiny доступно бесплатно по адресу https://asntech.shinyapps.io/intervene или https://intervene.shinyapps.io/intervene.

Исходный код приложения Shiny доступен по адресу https://github.com/asntech/intervene-shiny.

Поддерживать

Если у вас есть вопросы или вы обнаружили какую-либо ошибку в программе, напишите нам на azez.khan[at]gmail.com

Цитируйте нас

Если вы используете Intervene, ссылайтесь на нас: Khan A, Mathelier A. Intervene: a tool for intersection and visualization of multiple gene or genomic region sets. BMC Bioinformatics. 2017;18:287. doi: 10.1186/s12859-017-1708-7