lightdock
0.9.4
LightDock — это платформа стыковки белков-белков, белков-пептидов и белков-ДНК, основанная на алгоритме оптимизации роя светлячков (GSO).
Платформа LightDock очень универсальна и имеет множество опций, которые могут быть дополнительно разработаны и оптимизированы пользователями: она может принимать любую пользовательскую функцию оценки, может использовать локальную минимизацию без градиента, моделирование может быть ограничено с самого начала, чтобы сосредоточиться на Назначаемые пользователем взаимодействующие области, он поддерживает ограничение остатков как в рецепторе, так и в партнерах-лигандах .
Протокол LightDock и обновления, позволяющие использовать ограничения остатков, были опубликованы в журнале Oxford Bioinformatics. Пожалуйста, укажите эти ссылки, если вы используете LightDock в своих исследованиях:
LightDock: новый многомасштабный подход к стыковке белков с белками
Брайан Хименес-Гарсия, Хорхе Роэль-Турис, Мигель Ромеро-Дурана, Микель Видаль, Даниэль Хименес-Гонсалес и Хуан Фернандес-Ресио
Биоинформатика , Том 34, Выпуск 1, 1 января 2018 г., страницы 49–55, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx555
LightDock становится информационным
Хорхе Роэль-Турис, Александр Эм-Джей Бонвен, Брайан Хименес-Гарсия
Биоинформатика , btz642; дои: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz642
Интегративное моделирование мембран-ассоциированных белковых сборок
Хорхе Роэль-Турис, Брайан Хименес-Гарсия и Александр MJJ Бонвин
Nat Commun 11 , 6210 (2020); дои: https://doi.org/10.1038/s41467-020-20076-5
Программное обеспечение Lightdock совместимо и было протестировано со следующими ОС:
Microsoft Windows официально не поддерживается, несмотря на то, что многие части протокола могут работать. Пожалуйста, используйте его на свой страх и риск. Если вы хотите внести свой вклад в тестирование и разработку LightDock для Windows, свяжитесь с нами.
LightDock имеет следующие зависимости:
Необязательные зависимости:
Самый быстрый способ установить LightDock — использовать pip :
pip install lightdockДля разработки и расширения кода LightDock следуйте этим инструкциям:
Клонируйте этот репозиторий:
git clone https://github.com/lightdock/lightdock.gitУбедитесь, что зависимости уже установлены (через pip, менеджер пакетов и т. д.):
Рекомендуется создать виртуальную среду и установить ее:
virtualenv venv
source venv/bin/activate
cd lightdock
pip install -e .Если вы не используете pip или setuptools для разработки, есть скрипт bash для компиляции всех расширений:
cd lightdock
./setup.sh Добавьте следующие строки в файл ~/.bashrc , не забудьте изменить /path/to/lightdock :
# LightDock
export LIGHTDOCK_HOME= " /path/to/lightdock "
export PATH= $PATH : $LIGHTDOCK_HOME /bin
export PYTHONPATH= $PYTHONPATH : $LIGHTDOCK_HOMEНе забудьте применить изменения:
source ~ /.bashrcВы можете запустить тесты LightDock:
cd lightdock
nosetestsПолную документацию о том, как запустить протокол LightDock, а также несколько учебных пособий и вариантов использования можно найти по адресу https://lightdock.org/tutorials.
LightDock активно развивается, поэтому могут возникнуть некоторые проблемы или вам может потребоваться дополнительная помощь для запуска LightDock. В таких случаях есть два основных способа получить помощь:
LightDock доступен по лицензии GPLv3. Дополнительную информацию см. в документе ЛИЦЕНЗИЯ.
