kma

Держите меня рядом ( kma ): обнаружение удержания интрона

kma - это R -пакет, который выполняет оценку и обнаружение удержания интрона, используя биологические повторения и повторную выборку. Обновленный код всегда можно найти по адресу https://github.com/pachterlab/kma

Установка

Чтобы установить, сначала убедитесь, что у вас есть необходимые пакеты:

 required_packages <- c("devtools", "data.table", "reshape2", "dplyr")
install.packages(required_packages)

Затем вы можете установить пакет с помощью devtools :

 devtools::install_github("pachterlab/kma")

Предполагая, что все идет хорошо, загружайте kma :

 library("kma")

Учебник

После того, как он был установлен, см. Виньетку в R:

 vignette("kma")

Ошибки и запросы функций

Пожалуйста, подайте их на GitHub.

Будущая работа

• Дополнительные инструменты для анализа анализа
• Обеспечить дифференциальный анализ использования интрона между экспериментальными условиями
  • В настоящее время у нас есть некоторые идеи о том, как это сделать, и, скорее всего, скоро их реализует
• Обеспечить анализ временных рядов

Авторы

Программное обеспечение было разработано Гарольдом Пиментелом. Методы были разработаны с Lior Pachter и John Conboy.

Связанные инструменты с открытым исходным кодом

Ниже вы найдете список связанных инструментов и то, как они отличаются от kma .

Dexseq

Dexseq заинтересован в дифференциальном использовании в генических областях. В результате он не определяет, используется ли интрон (по сравнению с выражением транскрипта), просто что он «дифференциально используется».

Мисо

Мисо может рассчитать интронный процент, сплайдированный в (PSI), хотя в настоящее время он требует модифицированной аннотации с их веб -сайта. kma в настоящее время может работать с любой аннотацией, так как аннотация будет обрабатываться на этапе предварительной обработки. Кроме того, MISO в настоящее время не предоставляет встроенный пакет для повторностей.