dimple
1.0.0
Макромолекулярная кристаллографическая трубопровод для уточнения и скрининга лигандов.
Димпл является частью набора CCP4. Вся работа выполняется другими программами из пакета, которые проводятся внизу. Самое главное, Refmac и Phaser . Таким образом, вам нужно установить CCP4.
Чтобы проверить последнюю версию разработки, клонируйте этот репозиторий и запустите ./dimple/dimple .
Димпл поставляется с небольшой утилитой find-blobs . Если вы не скомпилируете его, будет использоваться версия из пакета CCP4. Компиляция требует библиотеки Clipper, которая, в свою очередь, требует MMDB2 и LIBCCP4. Вы можете либо построить все, начиная с источника, либо использовать Conda, чтобы загрузить двоичные файлы, скомпилированные с GCC 4.8. Последнее может быть сделано путем установки Miniconda и выполнив:
conda install -c mw clipper
Чем строительные блубов, указывающие на то, где требуются библиотеки:
export CXXFLAGS="-D_GLIBCXX_USE_CXX11_ABI=0 -std=c++98" # for GCC 5
cmake -D CMAKE_PREFIX_PATH=$HOME/miniconda2 .
make
Нет необходимости в установке - бинарная приземление в том же каталоге, что и сценарии Python и Dimple, будут использовать программы отсюда в предпочтениях из $CCP4/bin .
Если это не работает - см. Методы контакта ниже.
Любые мысли, комментарии или отзывы приветствуются. Если это не работает, как ожидалось, или вообще не работает - дайте нам знать как можно скорее. Используйте трекер выпуска или по электронной почте CCP4 Helpdesk или по электронной почте [email protected] или.
Сделано в алмазном источнике света и в CCP4-Harwell.
