tIGAr

Тигар

Библиотека Python для изогеометрического анализа (IGA) с использованием Fenics. В следующей статье описывается дизайн Тигара:

 @article{Kamensky2019,
title = "{tIGAr}: Automating isogeometric analysis with {FEniCS}",
journal = "Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering",
volume = "344",
pages = "477--498",
year = "2019",
issn = "0045-7825",
doi = "https://doi.org/10.1016/j.cma.2018.10.002",
author = "D. Kamensky and Y. Bazilevs"
}

Зависимости

• Любое значимое использование требует Fenics (версия 2019.2) и его зависимости.
• Scipy требуется. (Scipy уже включен в распределения Docker Fenics.)
• Использование модуля Nurbs требует Igakit.
• Компиляция документации API требует сфинкс.
• Самая удобная программа для визуализации результатов - ParaView.

Установка

Установите все зависимости, клонировать хранилище (или загружать и извлечь из архива) и добавить каталог верхового уровня репозитория (а именно тот, который с подкатариями tIGAr , docs и т. Д.) к переменной среды PYTHONPATH , например, по добавление

 export PYTHONPATH=/path/to/repository/: $PYTHONPATH

в ваш файл ~/.bashrc (и source -ing). Чтобы (необязательно) создать документацию API, изменить каталог на docs и тип, make html . Основная документация будет тогда в ./_build/html/index.html , которая может быть открыта с помощью веб -браузера.

На кластерах

Наиболее удобным способом использования Fenics (и, следовательно, Tigar) на кластерах HPC является сингулярность. Рецепт сингулярности для использования Tigar находится в файле singularity-recipe.def . Некоторые дополнительные заметки представлены в комментариях этого файла.

Общие проблемы с установкой

• petsc4py.PETSc.Mat object has no attribute PtAP : это связано со старой версией petsc4py . Попробуйте установить последнюю версию через pip3 .
• ImportError: No module named dolfin : это происходит при попытке использовать python а не python3 . Fenics 2018.1 и более Newer больше не поддерживают Python 2.
• Python.h: No such file or directory : для этого требуется установка файлов заголовка для API Python C. На Ubuntu они могут быть установлены через sudo apt-get install python3-dev .
• ModuleNotFoundError: No module named 'scipy._lib.decorator' : попробуйте переустановить Scipy, который можно сделать с помощью команды pip3 install --force-reinstall scipy .
• Ошибки из-за старых версий каникул: запустите dolfin-version в терминале, чтобы проверить вашу версию Fenics. В частности, обратите внимание, что Ubuntu PPA для текущей стабильной версии Fenics поддерживается только для самых последних выпусков Ubuntu. Установка через диспетчер пакетов в старом выпуске Ubuntu может установить старую версию Fenics.
• libgfortran.so.3 cannot be found , или другие проблемы с libgfortran при использовании контейнера для сингулярности: попробуйте добавить apt-get -y install libgfortran3 в разделе %post в файле singularity-recipe.def .