consort

супруг

Целью consort является облегчение создания консортных диаграмм для прозрачной отчетности об распределении участников в рандомизированных контролируемых клинических испытаниях. Это делается путем создания стандартизированных данных о распоряжении и использования этих данных в качестве источника для создания стандартной консортной диаграммы. Человеческие усилия, поставляя текстовые этикетки на узле, также могут быть достигнуты.

Установка

Вы можете установить выпущенную версию Consort из Cran с:

 install.packages ("consort")

И версия разработки от GitHub с:

 # install.packages ("devtools") devtools :: install_github ("adayim/consort")

Пример

Это базовый пример, который показывает, как решить диаграмму создания консорт с данными данными об утилизации предмета:

 Библиотека (Consort) ## Базовый пример кода

 set.seed (1001) n <- 300trialno <- образец (C (1000: 2000), n) Exc <- rep (Na, n) Exc [образец (1: n, 15)] <- образец (c (" Образец не собран »,« МРТ не собран »,« Другое »), 15, заменить = t, prob = c (0,4, 0,4, 0,2)) ARM <- rep (na, n) arm [is.na (exc) ] <- Образец (c ("conc", "seq"), sum (is.na.na (exc)), replace = t) fow1 <- rep (na, n) fow1 [! is.na (arm)] < - Выборка (C («Установка», «Открыто», «Смерть», «Другое», NA),
                            sum (! is.na (arm)), заменить = t, prob = c (0,05, 0,05, 0,05, 0,05, 0,8))) fow2 <- rep (na, n) fow2 [! is.na (arm) и есть .na (fow1)] <- образец (C («отклонение протокола», «отсутствующий результат», Na),
                                          sum (! is.na (arm) & is.na (fow1)), заменить = t,
                                           prob = c (0,05, 0,05, 0,9)) df <- data.frame (trialno, exc, arm, fow1, fow2)
Head (df)#> trialno exc arm fow1 fow2#> 1 1086 <na> conc <na> <na>#> 2 1418 <Na> seq <Na> <Na>#> 3 1502 <Noc> Death <na >#> 4 1846 <Na> conc <NA> <NA>#> 5 1303 <Na> conc Death <Na>#> 6 1838 <Na> seq <na> <na>

 out <- consort_plot (data = df, order = c (trialno = "популяция", exc = "excuded", arm = "рандомизированный пациент", fow1 = "Затерянный последующий наблюдение", trialno = "законченное наблюдение", fow2 = "Не оценивается", trialno = "окончательный анализ"), side_box = c ("exc", "fow1", "fow2"), allocation = "arm", labels = c ("1" = "скрининг", " 2 "=" рандомизация "," 5 "=" окончательный "), cex = 0,6)

Сюжет (OUT) 

Поскольку построение grid не очень идеально, расчет кудинатов для узлов нелегкая работа и старался изо всех сил. Не стесняйтесь PR, если хотите улучшить. Или вы можете создать график Graphviz , установив grViz = TRUE на plot . Это будет использовать DiagrammeR для печати сюжета. Сюжет идеально подходит для блестящего или HTML -выхода.

 Сюжет (Out, Grviz = true) 

Или сохранить этот график Graphviz в png или pdf

 Счет (g, grviz = true) |> Diagrammersvg :: export_svg () |>
     chartoraw () |> rsvg :: rsvg_pdf ("svg_graph.pdf")