bsub

Представитель и монитор кластера LSF

Он отправляет R -сценарии Code/R Scripts/Shell Cluster, не выходя из R.

Установить

Прямо из Cran:

install.packages( " bsub " )

Или от GitHub:

 if ( ! requireNamespace( " devtools " , quietly = TRUE ))
    install.packages( " devtools " )
devtools :: install_github( " jokergoo/bsub " )

Документация

Онлайн -документация доступна по адресу https://jokergoo.github.io/bsub/.

Отправить рабочие места

Непосредственно отправьте r Chunk:

library( bsub )

# R code
bsub_chunk( name = " example " , memory = 10 , hours = 10 , cores = 4 , 
{
    fit = NMF :: nmf( ... )
    # you better save `fit` into a permanent file
    saveRDS( fit , file = " /path/of/fit.rds " )
})

Отправить сценарий R:

 # R script
bsub_script( name = " example " ,
    script = " /path/of/foo.R " , ... )

Отправить команды оболочки:

 # shell commands
bsub_cmd( name = " example " ,
    cmd = " samtools view ... " , ... )

Убить работу:

bkill( job_id )

Рабочие зависимости

 job1 = bsub_chunk( ... )
job2 = bsub_chunk( ... )
bsub_chunk( ... , dependency = c( job1 , job2 ))

Просмотреть информацию о работе

Посмотреть резюме работы:

 bjobs
brecent
bjobs_running
bjobs_pending
bjobs_done
bjobs_exit

Примером заданий является следующее:

Просмотреть журнал работы:

job_log( job_id )

Интерактивный монитор работы

monitor()

Таблица сводки работы:

Журнал работы:

Диаграмма зависимости работы:

Лицензия

MIT @ Zuguang gu