ariba
2.14.7
Идентификация устойчивости к антимикробным препаратам с помощью сборки
Для использования Ariba, пожалуйста, посмотрите страницу Вики Арибы.
Обратите внимание: в настоящее время у нас нет ресурсов, чтобы обеспечить поддержку Ariba - см. Раздел «Отзывы/проблемы».
Введение
Быстрый старт
Установка
Требуемые зависимости
Использование PIP3
Из источника
Докер
Сингулярность
Debian (тестирование)
Ubuntu
Зависимости и переменные среды
Временные файлы
Использование
Лицензия
Обратная связь/проблемы
Цитирование
Ariba - это инструмент, который идентифицирует гены устойчивости к антибиотикам путем запуска локальных сборок. Это также может быть использовано для вызова MLST.
Ввод представляет собой файл FASTA из эталонных последовательностей (может быть сочетание генов и некодирующих последовательностей) и парных считываний секвенирования. Ариба сообщает, какие из эталонных последовательностей были найдены, а также подробную информацию о качестве сборков и любых вариантов между чтениями секвенирования и эталонными последовательностями.
Получить справочные данные, например, из карты. Смотрите Getref для полного списка.
ariba getref ncbi out.ncbi
Подготовьте справочные данные для Ariba:
ariba prepareref -f out.ncbi.fa -m out.ncbi.tsv out.ncbi.prepareref
Запустите локальные собрания и варианты звонка:
ariba run out.ncbi.prepareref reads1.fastq reads2.fastq out.run
Суммируйте данные из нескольких прогонов:
ariba summary out.summary out.run1/report1.tsv out.run2/report2.tsv out.run3/report3.tsv
Пожалуйста, прочитайте страницу Ariba Wiki для полного использования.
Учебное пособие по ноутбуке Jupyter
Если вы столкнетесь с проблемой при установке Ariba, пожалуйста, свяжитесь с вашим локальным системным администратором. Если вы столкнетесь с ошибкой, вы можете записать ее здесь.
Версия Python3> = 3,6,0
Bowtie2 версия> = 2,1,0
Версия CD-хита> = 4.6
Mummer версия> = 3.23
Ариба также зависит от нескольких пакетов Python, все из которых доступны через PIP. Установка Ariba с PIP3 получит их автоматически, если они еще не установлены:
Дендропия> = 4.2.0
matplotlib> = 3.1.0
pyfastaq> = 3.12.0
pysam> = 0,9,1
Pymummer> = 0,10,1
биопитон
Установите Ariba с помощью PIP:
pip3 install ariba
Загрузите последний релиз из этого репозитория GitHub или клонировать его. Запустите тесты:
python3 setup.py test
Примечание для OS X: Тесты требуют GAWK, который необходимо будет установить отдельно, например, через Homebrew.
Если тесты проходят, установите:
python3 setup.py install
В качестве альтернативы установите непосредственно с GitHub, используя:
pip3 install git+https://github.com/sanger-pathogens/ariba.git #--user
Ариба можно запустить в контейнере Docker. Сначала установите Docker, затем установите последнюю версию Ariba:
docker pull gchr.io/sanger-pathogens/ariba:latest
Все изображения Docker перечислены на странице пакетов.
Чтобы использовать Ariba, используйте такую команду (замену в ваших каталогах), где предполагается, что ваши файлы хранятся в/home/ubuntu/data:
docker run --rm -it -v /home/ubuntu/data:/data sangerpathogens/ariba ariba -h
При вызове Ariba через Docker (как указано выше) вам также необходимо добавить /data / перед всеми пропущенными в именах файла или каталога (например, data /my_output_folder).
Ариба можно запустить в контейнере для сингулярности. Сначала установите сингулярность. Выпуски включают в себя изображение сингулярности для скачивания.
В качестве альтернативы, создайте свой собственный образ сингулярности:
singularity build ariba.simg Singularity.def
Ариба доступна в последней версии Debian, и со временем постепенно проскочит в Ubuntu и другие дистрибутивы, которые используют Debian. Чтобы установить его как root:
sudo apt-get install ariba
Вы можете использовать apt-get (см. Выше) или для того, чтобы получить последнюю версию Ariba, следующие команды могут использоваться для установки ARIBA и ее зависимостей. Это было протестировано на новом случае Ubuntu 16.04.
sudo apt-get update sudo apt-get install -y python3-dev python3-pip python3-tk zlib1g-dev bowtie2 mummer cd-hit export ARIBA_CDHIT=cdhit-est sudo pip3 install ariba
По умолчанию Ариба будет искать зависимости в вашем $PATH , используя имена в таблице ниже. Такое поведение может быть переопределено, а точка Арибы в конкретную программу с использованием переменных среды. Переменная среда проверяется сначала и используется, если она установлена. В противном случае Ариба смотрит в вашем $PATH для имени по умолчанию. Это относится к следующим зависимостям.
| Зависимость | Исполняемый файл по умолчанию | Имя переменной среды |
|---|---|---|
| Bowtie2 | bowtie2 | $ARIBA_BOWTIE2 |
| CD-хит (EST) | cd-hit-est | $ARIBA_CDHIT |
Например, вы можете указать точную версию исполняемого файла Bowtie2, которую вы скомпилировали и загрузили в своем домашнем каталоге (предполагая Bash):
export ARIBA_BOWTIE2=$HOME/bowtie2-2.1.0/bowtie2
Обратите внимание, что Ariba также запускает bowtie2-build , для которой он использует исполняемый файл bowtie2 с добавлением -build . Так что в этом случае он попытался бы использовать
$HOME/bowtie2-2.1.0/bowtie2-build
Ариба может временно сделать большое количество файлов во время работы, которые помещаются во временный каталог, изготовленный Арибой. Общий размер этих файлов невелик, но их может быть много. Это может быть проблемой при выполнении больших чисел (100 или 1000 -х) заданий одновременно в той же файловой системе. Родительский каталог временного каталога определяется в следующем порядке приоритета:
Значение опции --tmp_dir (если использовалась эта опция)
Переменная среда $ARIBA_TMPDIR (если она установлена)
Переменная среды $TMPDIR (если она установлена)
Если ни одно из вышеперечисленного не найдено, то используйте выходной каталог прогона.
Каждый временный каталог уникален для одного прогона Ariba и автоматически удаляется в конце прогона (даже если Ариба была убита пользователем или разбит). Например,
export $ARIBA_TMPDIR=/tmp
приведет к созданию нового каталога внутри /tmp , который будет иметь имя формы
/tmp/ariba.tmp.abcdef
где суффикс abcdef представляет собой случайную строку символов, выбранная так, что /tmp/ariba.tmp.abcdef еще не существует.
Исключение из вышеупомянутого -если используется вариант --noclean . Это заставляет временный каталог помещать в выходной каталог, и временные файлы хранятся. Это предназначено для отладки.
usage: ariba <command> <options> optional arguments: -h, --help show this help message and exit Available commands: aln2meta Converts multi-aln fasta and SNPs to metadata expandflag Expands flag column of report file flag Translate the meaning of a flag getref Download reference data micplot Make violin/dot plots using MIC data prepareref Prepare reference data for input to "run" pubmlstget Download species from PubMLST and make db pubmlstspecies Get list of available species from PubMLST refquery Get cluster or sequence info from prepareref output run Run the local assembly pipeline summary Summarise multiple reports made by "run" test Run small built-in test dataset version Get versions and exit
Пожалуйста, прочитайте страницу Ariba Wiki для полного использования.
Ariba - это свободное программное обеспечение, лицензированное по GPLV3.
В настоящее время у нас нет ресурсов, чтобы обеспечить поддержку Ariba. Тем не менее, сообщество может помочь вам, если вы сообщите о каких -либо проблемах использования программного обеспечения на странице «Проблемы».
Если вы используете это программное обеспечение, цитируйте:
Ариба: быстрое устойчивость к антимикробным препаратам непосредственно из секвенирования чтения Hunt M, Mather AE, Sánchez-Busó L, Page AJ, Parkhill J, Keane JA, Harris Sr. Microbial Genomics 2017. DOI: 110.1099/mgen.0.000131
