VARUS

Варус: рисование разнообразных образцов из библиотек RNA-seq

Первоначально Варус был написан Вилли Брюном в качестве диссертации бакалавра, контролируемого Марио Стэнке. Этот репозиторий является копией https://github.com/willybruhn/varus, сделанного в ноябре 2018 года и содержит множество ошибок, функцию базы данных интрона и расширение для использования программы альтернативного выравнивания.

Varus автоматизирует выбор и загрузку ограниченного количества чтения RNA-Seq из At At Artice Archive последовательности NCBI (SRA), нацеленного на достаточно высокий охват для многих генов с целью обучения и аннотации генома. Каждая итерация онлайн -алгоритма

• Выбирает запуск для загрузки, который, как ожидается, дополнит ранее загруженные чтения
• Загрузите образец чтения («партия») из бега с FastQ-Dump
• выравнивает чтения со звездами или хисатом
• оценивает выравнивание

Установка

Linux

Вызовать следующую команду из командной линии, чтобы клонировать репозиторий:

git clone https://github.com/MarioStanke/VARUS.git

Варус зависит от

• Samtools,
• Bamtools, установите на Ubuntu с sudo apt-get install bamtools libbamtools-dev
• Fastq-Dump и
• Star или Hisat2 (проверенная с HySat 2, версия 2.0.0-бета)

Скомпилировать варус вручную с

 cd Implementation
make

Отключить кеш NCBI

По умолчанию инструмент NCBI fastq-dump создает временные файлы под ~/ncbi того же размера, что и файл запуска, из которого загружаются данные, даже если загружается только небольшая часть. Отключите это кэширующее поведение, которое требует, вероятно, слишком большого места для жесткого диска для большинства пользователей с

 mkdir -p ~/.ncbi
echo '/repository/user/cache-disabled = "true"' >> ~/.ncbi/user-settings.mkfg

Начиная

Пример

Измените example каталога и следуйте инструкциям в примере/readme.

Запуск варуса

Скопируйте файл VARUSparameters.txt из папки примера в ваш рабочий каталог и при необходимости отрегулируйте:

Самые важные параметры:

-Переверните, указывает, сколько чтений следует загрузить в каждую итерацию (например, 50000 или 200000)

-MaxBatches указывает, сколько партий должно быть загружено больше всего

Окончательный вывод - это отсортированный файл выравнивания сплайсинга (все партии вместе) называется varus.bam .

Ссылки

Пожалуйста, цитируйте: Varus: выборка дополнительных РНК считывает из архива чтения последовательности. 2019; BMC Bioinformatics , 20: 558

Варус на PAG2019

Бакалавриат

Найдите тезис о бакалавриате Вилли Брун, соответствующий варусу в /доктора /тезисе.