SIQ

Сияние

Опрос последовательностей и квалификация для выполнения анализа на целевых данных секвенирования. SIQ создает профиль мутации, который можно интерактивно визуализировать с помощью Siqplotter. Он написан на Java, чтобы любой, у кого есть компьютер, мог использовать эту программу для анализа своих последовательностей. Мы разработали и внедрили этот инструмент для тех, кто не имеет опыта в области информации, чтобы иметь возможность анализировать данные NGS.

Для получения подробного руководства пользователя, пожалуйста, загрузите и прочитайте:

Руководство пользователя

И, кроме того, вы можете посмотреть видео -туририалы, которые мы сделали для вас, чтобы легко запустить SIQ:

Видеоуроки

Если вы смотрели все видео, прочитали все руководство пользователя и все еще имели проблемы с запуском SIQ или анализом ваших данных, пожалуйста, сделайте проблему здесь или напишите нам по электронной почте. Смотрите SIQ Paper для контактной информации.

Для тех, кто предпочитает дальше следовать Readme, мы включили краткое руководство пользователя ниже:

Содержимое

• Установка
• Бег Siq
• Анализ данных с Siqplotter
• Поиск неисправностей
• Видеоуроки

Установка

• Скачать последний файл Java .jar, содержащий SIQ из этого репозитория здесь

Загрузите последний файл .jar из этого репозитория. Вы можете дважды щелкнуть по нему, и это должно работать напрямую. Единственное, что вам нужно, это рабочая версия Java (1,8 и выше). Пожалуйста, убедитесь, что установите 64-битную версию Java. Скачать и установить Java здесь

Примечание. Большинство операционных систем, таких как MacOS и Windows, не допустит любого файла, поступающего из Интернета. Для MacOS, пожалуйста, удерживайте «Control» + нажмите на файл JAR, чтобы открыть его. Это уведомление появляется только в первый раз.

Бег Siq

При запуске SIQ вы должны увидеть следующий экран:

SIQ можно использовать для анализа следующего типа данных:

• Последовательности Sanger (.ab1 files) ( Примечание: можно проанализировать только последовательности Sanger, содержащие одну мутацию )
• Одиночные и парные данные о последовательности Illumina (.fastq или .fastq.gz файлы)
• Data Pacbio (.fastq или .fastq.gz файлы)
• Data Data (.fastq или .fastq.gz файлы) Примечание. Обязательно проверьте опцию «Включить долгоипрограммный анализ (PACBIO/ONT)»

При настройке целевых экспериментов по секвенированию вы обычно используете два праймера для усиления вашего интереса. Кроме того, вы (необязательно) ожидали целевых сайтов для ваших экспериментов. Это, например, случай, если вы используете CRISPR CAS9, CAS13, I-SCEI или любой другой фермент для нацеливания на ДНК. Мы также использовали SIQ для анализа различных сайтов, таких как сайты транспозонов, сайты последовательностей G-квадруплекса. SIQ использует эти местоположения, чтобы 1) попытаться идентифицировать изменения последовательностей предпочтительно в этом месте. 2) Чтобы убедиться, что ваши ПЦР -праймеры усилились из ожидаемого местоположения (см. Фильтры ниже).

SIQ имеет возможности для следующего входа:

• R1 - файл секвенирования (требуется)
• R2 - парный файл секвенирования конца. Если предоставлен SIQ объединить R1 и R2 с помощью Flash (необязательно)
• Ссылка - ссылочный файл, содержащий последовательность ДНК в формате FASTA. Нужно также содержать последовательности праймеров, если они поставляются. Держите ссылочный файл маленьким, так как это определяет время выполнения SIQ (требуется)
• псевдоним - ваше образец имени (требуется)
• Левый фланг - отрезка ДНК, которая просто касается вашего ожидаемого целевого сайта. См. Ниже для графического примера (требуется, см. Flancs)
• Правый фланг - отрезка ДНК, которая просто касается вашего ожидаемого целевого сайта. Смотрите ниже для графического примера. В случае, например, Nickasases Cas9, это может обозначить второй целевой сайт SGRNA (требуется)
• #Base Past Primer - количество оснований, которые читает ваша последовательность, должна пройти учебник, который будет включен в качестве реального события. Этот фильтр должен убедиться, что ваши праймеры отожжены на целевом сайте в ДНК (по умолчанию: 5, 0 отключает этот фильтр)

Необязательные настройки:

• Макс читает для анализа - максимальное количество чтений, которые вы хотите, чтобы SIQ анализировал на выборку (0 не ограничено)
• Поддержка мин - минимальное число, которое событие должно рассматриваться как часть вывода SIQ (по умолчанию: 2)
• Максимальная базовая ошибка - максимум на базовую ошибку, которая разрешена в проанализированном чтении (по умолчанию: 0,05)
• MAX CPU - максимальное количество процессоров SIQ может использовать в любой момент времени. Обратите внимание, что SIQ использует максимум 1 ЦП на файл (по умолчанию: все)
• Расстояние поиска по банкам - расстояние относительно соединения событий, которое должно быть включено в пространство поиска для поиска происхождения вставки. Банки - это шаблонная вставка (по умолчанию: 100)

Сикплоттер

Когда SIQ будет готов анализировать ваши образцы, это приведет к файлу Excel. Этот файл Excel может быть загружен и непосредственно визуализирован Siqplotter

Загрузите в Siqplotter

См. Руководство пользователя или видеоуроки для получения более подробной информации о том, как использовать Siqplotter.

Поиск неисправностей

SIQ не начинается

Проблема в том, что у вас нет (правильной версии) Java. Убедитесь, что вы загружаете и установите новейшую версию Java:

Скачать Java

SIQ все еще не начинается

Запустить SIQ из терминала (командная строка в Windows):

1. Запустить терминал
2. Перейдите в каталог, где файл SIQ JAR (например, загрузки): cd Downloads
3. Начать SIQ (в этом примере файл -siq_1.0.jar: java -jar SIQ_1.0.jar
4. Разместите вывод в качестве проблемы.

SIQ не работает над файлами, которые нуждаются в слиянии парных чтений

Программа Flash, которая требуется для вашей операционной системы, кажется, не работает. При запуске SIQ Flash копируется в каталог, в котором работает SIQ. Может случиться так, что программа не работает для вашей операционной системы. Пожалуйста, проверьте вывод следующих компаний, чтобы увидеть, работает ли вспышка

1. Запустить терминал
2. Перейдите в каталог, где файл SIQ JAR (например, загрузки): cd Downloads
3. Запустите Flash, как это (Linux/MacOS)

  ./flash2  
    Usage: flash [OPTIONS] MATES_1.FASTQ MATES_2.FASTQ
    Run `./flash2 --help | less' for more information.

 or in windows:

  flash.exe
    Usage: flash [OPTIONS] MATES_1.FASTQ MATES_2.FASTQ
    Run `flash.exe --help | more' for more information.

4. Если вывод отличается, пожалуйста, опубликуйте вывод в качестве проблемы. См. Руководство пользователя для получения дополнительных вариантов

Видеоуроки

Видео 1. Скачать и установить SIQ

Видео 2. Запуск SIQ на ваших данных

Видео 3. Запуск SIQ со ссылкой на HDR на обнаружение изменений

Видео 4. Advanced SIQ опции

Видео 5. Анализ данных с использованием siqplotter