brainways

Мозговые пути

Что такое мозговые пути?

Brainways-это инструмент на основе AI для автоматизированной регистрации, количественной оценки и генерации сети активности в масштабах мозга, основанных на флуоресценции в корональных срезах.

Почему мозговые пути?

Регистрация корональных срезов, количественное определение ячеек и анализ контрастности всего мозга между экспериментальными условиями должен быть легко доступен из одного программного обеспечения, не требуя опыта программирования. Настройка должна быть проще, имея очень гибкий бэкэнд питонического питонического.

Начиная

Чтобы установить и запустить мозговые пути, запустите следующее в вашей среде Python:

pip install brainways
brainways ui

Следуйте нашему руководству по началу работы для получения более подробной информации.

Как это работает

Brainways позволяет пользователям регистрироваться, количественно оценить и предоставлять статистический анализ контрастности, выполнив несколько простых шагов:

1. Жесткая регистрация корональных срезов в 3D -атлас.
2. Нежеская регистрация корональных срезов в 3D-атлас, чтобы учесть индивидуальные различия и недостатки в процедуре приобретения.
3. Обнаружение клеток (с использованием Stardist).
4. Количественная оценка количества клеток на область мозга.
5. Статистический анализ:
   • Анализ контрастного анализа ANOVA.
   • PLS (частичный наименьший квадрат) анализ.
   • Создание сетевого графа.

Архитектура

Brainways реализуется как три модуля. brainways.ui содержит реализацию GUI как плагин Napari. brainways.ui использует brainways в качестве бэкэнда. Вся функциональность реализована в пакете Brainways. Это разделение было сделано, чтобы гарантировать, что Brainways представляет собой программное обеспечение для Gu-A-Agnostic, и его можно полностью получить доступ и манипулировать с помощью кода Python, чтобы разрешить настраиваемые сложные сценарии использования. Код, который использовался для обучения, оценки и запуска модели автоматической регистрации, находится в brainways-reg-model .

Статус развития

Brainways активно развивается Беном Кантором из Бартальной Лаборатории, Университет Тель -Авив, Израиль. Наши релизы можно найти здесь.

Цитирование

Если вы используете Brainways, пожалуйста, цитируйте Kantor и Bartal (2023):

 @article{kantor2023brainways,
  title={Brainways: An Open-Source AI-based Software For Registration and Analysis of Fluorescent   Markers on Coronal Brain Slices},
  author={Kantor, Ben and Ben-Ami Bartal, Inbal},
  journal={bioRxiv},
  pages={2023--05},
  year={2023},
  publisher={Cold Spring Harbor Laboratory}
}

Лицензия

Распределенные в соответствии с условиями лицензии GNU GPL v3.0, «Brainways» является бесплатным и программным обеспечением с открытым исходным кодом

Проблемы

Если вы столкнетесь с какими -либо проблемами, пожалуйста, подайте проблему вместе с подробным описанием.