SLiM 是一种进化模拟框架,它将强大的群体遗传模拟引擎与任意复杂进化场景的建模能力结合在一起。模拟是通过集成的 Eidos 脚本语言进行配置的,该语言允许对模拟场景的几乎每个方面进行交互式控制。底层基于个体的模拟引擎经过高度优化,可以对大量群体中的整个染色体进行建模。我们还在 macOS、Linux 和 Windows 上提供了名为 SLiMgui 的图形用户界面,以实现轻松的仿真设置、交互式运行时控制以及仿真输出的动态可视化。
此 GitHub 存储库托管 SLiM 和 SLiMgui 的上游开发头版本。
SLiM 和 SLiMgui 的发行版本可从 http://messerlab.org/slim/ 获取。
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SLiM 是自由软件:您可以根据自由软件基金会发布的 GNU 通用公共许可证(许可证的第 3 版)或(由您选择)任何更高版本的条款重新分发和/或修改它。
SLiM 的发布是希望它有用,但不提供任何保证;甚至没有适销性或特定用途适用性的默示保证。 有关更多详细信息,请参阅 GNU 通用公共许可证。
您应该已收到 GNU 通用公共许可证和 SLiM 的副本。 如果没有,请参阅 http://www.gnu.org/licenses/。
SLiM 正在积极开发中,我们的目标是使其尽可能广泛地发挥作用。 如果您有反馈或功能请求,或者您有兴趣为 SLiM 做出贡献,请联系 Philipp Messer:[email protected]。请注意,菲利普也在寻找研究生和博士后。
正在寻找二进制包/安装程序?
以下小节总结了获取 SLiM(和 SLiMgui)的可用方法。 从源代码构建也是所有平台上的一个选项;请参阅下一节。 SLiM 手册的第 2 章包含有关 SLiM 安装和构建的更多详细信息。 该手册和其他 SLiM 资源可以在 http://messerlab.org/slim/ 上找到。
从 SLiM 主页 https://messerlab.org/slim/#Downloads 下载并双击 macOS 安装程序。 它将安装slim
和eidos
命令行工具以及 SLiMgui。
任何支持 AUR 的基于 Arch 的发行版都应该兼容。
https://aur.archlinux.org/packages/slim-simulator/
不保证衍生发行版与这些二进制包的兼容性。为您的操作系统启用存储库;您还可以尝试使用源 RPM 软件包为您的系统重建软件包,以便为任何基于 RPM 的发行版提供出色的集成。
https://copr.fedorainfracloud.org/coprs/bacarson/SLiM-Selection_on_Linked_Mutations/
可以使用dpkg
功能的 shell 脚本。它使用 CMake 安装目标将 SLiMgui 与桌面环境集成。与从源代码构建相比,它的优点是它会为您检查构建依赖项,并且会自动从/tmp
中删除构建工件。按照手册中的说明使用curl
获取脚本。
https://raw.githubusercontent.com/MesserLab/SLiM-Extras/master/installation/DebianUbuntuInstall.sh
如果您安装了 MSYS2,您可以执行pacman -Syu
来更新其信息(请参阅 SLiM 手册以获取更多信息)。 然后您可以使用以下命令安装 SLiM 和 SLiMgui:
pacman -S mingw-w64-x86_64-slim-simulator
SLiM 手册提供了有关在 WSL2 下构建和安装 SLiM 和 SLiMgui 的详细说明。
您可以从源代码构建 SLiM 和 SLiMgui。 这可能很有用,特别是当您希望运行 SLiM 的最新开发版本而不是最后发布的版本时。 有关在各种平台上从源代码进行构建的更多信息,请参阅 SLiM 手册的第 2 章。