故事接续《红色警戒2》的盟军结局：苏联战败，领导人罗曼诺夫被俘，但他的顾问尤里不知所踪。原来尤里在美苏大战之际，暗地在全世界部署他的心灵控制技术，企图控制整个世界。
尤里利用白宫简报会的时机，插入映像告诉美国总统杜根，声称自己在全球建立了一个由心灵控制器组成的网络，并计划用心灵控制整个行星。其中一个心灵控制器就部署在旧金山的恶魔岛，而且马上就要启动了。
杜根总统立刻下令对心灵控制器展开空袭，但所有AV-8B攻击机全数被击落，虽然其中一架撞入恶魔岛的核反应堆，造成设备缺电而不能启动，但尤里启动了其它地方的心灵控制器，结果地球上大多数人迅速被尤里彻底控制了……
苏军剧情：
任务一：
本关尤里新兵会不断地上岸和我们争夺发电厂，所以我方要派工程师修理地图上方的仓库并派动员兵驻守，这样可以挡住不少抢滩的敌人。回到恐龙时代后，立刻派运输船到地图左上角的小岛，能找到一头霸王龙加入我方。当再次回到新的时间线时，霸王龙会成为最强的助力。
任务二：
首先用V3导弹车引爆三个德军基地的油桶，确保里面的坦克杀手全数毁灭。然后放弃行动缓慢的V3，大军集结往地图上方移动，到尽头后向左方移动，绕过美军基地直攻爱因斯坦实验室，可以很快地完成任务，否则时间拖得越长，美军的防御工事会建得越多。
任务三：
游戏一开始就把鲍里斯塞进防空运兵车中，迅速通过基地左侧的桥梁（动作慢的话会被炸毁），之后沿地图左侧前进，接近目的地后用鲍里斯呼叫米格将心灵信标炸毁，这样就能不费吹灰之力将整支美军纳入麾下。
美军投诚后，心灵风暴的倒计时开始，美苏联军将攻击重点放在尤里的电厂上，一旦他们电力不足，倒计时就会停止，之后的进攻就轻松了。
任务四：
由于苏军没有类似光棱坦克这种超长射程的载具，因此面对大量尤里复制人部队会非常头痛。本关尽量不要生产天启这种大杀器，进攻部队以动员兵和矿车为主，矿车最大的优点是皮厚且对心灵控制免疫，小机枪伤害值不高，但对付步兵已经足够。
另外，尤里新兵最喜欢占领建筑当碉堡，因此要生产几辆V3导弹车随军，用来推掉尤里基地附近的建筑物。不要追求全灭敌人，尽快将领导人罗曼诺夫平安送到机场即可。
任务五：
本关打陆战的话非常耗时间，唯一的乐趣是可以用大队工程师自杀式去控制尤里的巨石像碉堡。想速攻的话就兴建船坞，生产一队潜艇，直接摸到尤里基地的中央，摧毁他的雷鸣潜艇基地。一旦得手，尤里军就会卖掉所有的建筑，将全部兵力杀往苏军的基地。此时我们只需做好防御工事，守株待兔即可。
任务六：
本关没有任何矿物采集，只能靠手头上现有的资金和消灭尤里分基地时得到的金钱工具箱。进攻部队以海量的太空人和一队天启坦克为主力。对天启坦克来说，唯一的威胁是心灵控制车和心灵控制塔，这时可以交给太空人去处理，又或者集结天启火力迅速打掉心灵控制车。
对于太空人而言，最大的威胁自然是加特林机枪，人海战术去打是死路一条，只能靠天启坦克去解决。只要将两个兵种灵活运用，通关并不困难。
任务七：
苏军最后一关绝对是硬骨头，尤里除了自己的直系部队外，还有美苏的傀儡军团协助，每次进攻都花样百出，让你应接不暇。在简单地建立防御工事后，派出小部队和工程师前往地图右侧的秘密实验室，占领后可获得建造巨炮的能力。另外左右两侧分别有尤里军的回收工厂，破坏掉可以获取可观的资金。
地堡和巨炮防陆军、防空车打基洛夫空艇，防御工作做好后可以量产武装直升机，有一队半至两队的数量（18至24辆）就可以直扑尤里的要塞。当你飞到要塞后方时，中间会被打掉一部分，剩下的马上架起变成“围攻坦克”，集中火力攻击要塞，只要它一倒掉就大功告成！
尤里联军的随机进攻方式（每个兵种的数量均大于或等于2）：
1，磁暴坦克+自爆卡车
2，天启坦克+V3火箭车+防空运兵车
3，基洛夫空艇
4，搭载辐射工兵的防空运兵车
5，武装直升机
6，雷达站战机
7，尤里联军的各种步兵组合
8，蜘蛛
9，天启坦克
10，灰熊坦克+光棱坦克+多功能步兵车
11，犀牛坦克+磁暴坦克+防空运兵车
2，火箭兵
13，搭载海豹特种部队的运输直升机
美军剧情：
任务一：
要速通的话，首先将所有巨炮和精炼厂、甚至把雷达也卖掉，最大限度降低耗电量，如此只需占领一个发电厂就可以返回过去。
任务二：
尽快占领附近的大厦作为碉堡，防御工事搞好后扫荡尤里的回收工厂，收集齐三位英雄人物后将他们塞进战斗要塞中，变成一辆超级坦克，然后带着一队光棱坦克就能进行大扫荡。
任务三：
我方的闪电风暴倒计时比尤里的核弹短，优先把地图左上角尤里占领的发电厂炸掉。然后用手头上有的坦克进攻基地上方的尤里发电厂，用工程师占领后（对自己手速有信心的可以直接摧毁），核弹就会因电力不足而中止倒计时。
与此同时，尤里会对我方占领的发电厂发起进攻，为了避免兵力过度分散，可以用坦克轰掉我方占领的所有发电厂（基地右侧的除外），降低我方的防守压力，同时尤里再也没办法通过占领发电厂来重启核弹。
由于闪电风暴的倒计时同样因电力不足而停止，故做好防御工事后，应尽快用工程师占领地图右下方的发电厂，这样就优势在我了。记得占领基地右方的机械商店，可以令坦克自动回血。另外，占领基地前方的瞭望塔能开全图。
任务四：
由于资源短缺，开场后就让谭雅带着工程师乘直升机到地图右侧油井区，让谭雅一人扫除守军，只要工程师占领一个油井，我方就可以在此处建防御工事。在救出爱因斯坦前先不要破坏心灵风暴设备，这样我们在救人之后就能使用。
任务五：
本关十分简单，凑上一队光棱坦克就可以平推了。唯一麻烦的是尤里新兵非常喜欢占领建筑来做碉堡，一个个炸十分耗时间。
任务六：
主要的难点是尤里的心灵控制车和飞碟，前者靠光棱塔，后者靠神盾舰（对空、可移动且不会被心灵控制）。为了增加防守资金，要尽快占领地图右方的三个油井，只要完成防守任务，后面进攻阶段就轻松多了。
任务七：
在做好苏军的防御工事前，不要建雷达，因为在美军传送过来的同时，尤里的超级武器也会开始倒计时。另外，只要我方不建海军，尤里的雷鸣潜艇就不会主动进攻。故我方在生产一辆运输船后就卖掉船厂，目的是运工程师到地图右上方的小岛占领油井，同时建一个矿厂，可以增加不少资金。
美军到达后，要生产大量火箭兵，可以在美苏基地间来回穿梭防备尤里的飞碟。与此同时，苏军的核电厂和美军的超时空传送仪要迅速建立，顺利的话可以在心灵风暴启动前把一小队光棱坦克传送到尤里基地，一举将他们的超级武器毁掉。
尤里军没有超级武器后，我方就可以稳打稳扎。防守方面除了光棱塔外还要建巨炮，因为磁力坦克的射程比光棱塔还远。另外，尤里的心灵控制车血量超厚，故光棱坦克至少有十五辆才好发起进攻，不然很容易因“自相残杀”而全灭。
美苏联军成功打败了尤里，两个平行宇宙开始融合。时间回到白宫简报会，画面由原来的尤里变成复活的卡维利将军，而准备参加庆功宴的谭雅却碰到了意想不到的“对手”…………