苹果6运行的是ios 8系统，而苹果6s则搭载了ios 9系统。 ios 9相比ios 8在性能优化、安全性提升以及新增功能方面都有所改进。例如，ios 9引入了spotlight搜索增强、新闻应用、低电量模式等新特性。
苹果6s由于采用了a9芯片，相比苹果6的a8芯片，在处理速度上有了显着提升，使得运行大型应用程序或游戏时更加流畅。同时，苹果6s支持更多的现代应用程序特性，如3d touch功能，这为用户提供了更多互动方式和快捷操作选项。
虽然苹果6和苹果6s的后置摄像头像素均为1200万，但苹果6s在视频录制质量、低光环境下的表现以及图像处理算法上都有所升级。苹果6s支持4k视频录制，而苹果6仅限于1080p高清视频。此外，苹果6s的live photos功能也增加了照片的趣味性和互动性。
苹果6s虽然在硬件上有所升级，但由于更强大的处理器和更高的分辨率屏幕，其电池容量并未显着增加。因此，在日常使用中，苹果6s的电池续航可能略逊于苹果6。不过，苹果6s支持更快的充电技术，可以减少充电等待时间。
苹果6s在安全性方面也进行了增强，例如加入了touch id指纹识别功能（如果设备配备了该功能）。苹果6同样支持touch id，但在一些较新的安全特性和加密技术上，苹果6s具有一定的优势。
