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NCBI 的 SRA 工具包和 SDK 是用於使用 INSDC 序列讀取檔案中的資料的工具和庫的集合。
2024 年 5 月 21 日： SRA 工具包版本 3.1.1
改進了用戶的預取錯誤和資訊訊息。
修復了在 Windows 上建置時的錯誤和警告。
2024 年 3 月 5 日： SRA 工具包版本 3.1.0
使用 prefetch --eliminate-quals 現在將下載 SRA Lite 資料或報告 Lite 版本不可用。
減少雲端用戶全域逾時的頻率。
如果資料（blob）校驗和遺失，vdb-validate 將會報告錯誤。
新增了對 AlmaLinux 的支援。
修正了 macOS 和 BSD 上的掛起問題。
2023 年 12 月 19 日： SRA 工具包版本 3.0.10
修正了將 JWT 與某些雲端儲存結合使用時的錯誤。
新增了對 arm64 處理器的建置支援。
2023 年 8 月 29 日： SRA 工具包 3.0.7
更新了 vdb-config 以改進 AWS 憑證介面和 SRA Toolkit 的使用。
修正了具有預取功能的 AWS 憑證中的錯誤。
修正了導致運行中儲存的參考序列出現「未找到參考」訊息的錯誤。
2023 年 7 月 10 日： SRA 工具包 3.0.6
預取現在支援最新的 GCP 存取權令牌。
修正了 Windows 使用者的 vdb-config 中的錯誤。
為了確保技術讀取的輸出，如果使用 --include-technical 選項，fasterq-dump 現在將自動切換到 --split-files 模式。
2023 年 5 月 9 日： SRA 工具包 3.0.5
為 Fasterq-dump 增加了對 PacBio 的支援。
新增了將參考序列輸出到 fastq-dump 的功能。
修正了使用 ngc 檔案時 dbGaP 資料存取的錯誤。
2023 年 1 月 3 日： SRA 工具包 3.0.3
修正了 sra-stat 中的回歸。
2022 年 12 月 12 日： SRA 工具包 3.0.2
修正了「在文字模組內轉換字串時緩衝區不足」在 Mac 上預取失敗的問題。
2022 年 11 月 15 日： SRA 工具包 3.0.1
刪除了配置 SRA 工具包的交互要求。
儲存庫結構的變更：
為了更好地服務不同的使用者群組，sra-tools儲存庫的tools/目錄分為幾個子目錄：
external/ - 構成面向最終使用者的 sra 工具包的工具。這些是安裝在工具包使用者電腦上的工具。這是預設的 make 目標
內部/ - 面向工具包開發人員和 NCBI 內部使用者的工具
loaders/ - 存檔載入管道中使用的工具，例如 NCBI SRA
test-tools/ - 工具包的 NCBI 內部測試中使用的工具。
預設的“make”命令現在將僅建置外部工具。要建立其他類別的工具，請使用這些目標/標誌：
'make all' - 建立所有內容，包括測試項目（位於 sra-tools/test/ 中）
'make BUILD_TOOLS_INTERNAL=ON' - 建構外部和內部工具
'make BUILD_TOOLS_LOADERS=ON' - 建立外部工具和載入程序
'make BUILD_TOOLS_TEST_TOOLS=ON' - 建置外部工具和測試工具
'make TOOLS_ONLY=ON' - 跳過建置測試項目
上面顯示的建置標誌可以組合在同一命令列上，例如「make BUILD_TOOLS_LOADERS=ON BUILD_TOOLS_INTERNAL=ON TOOLS_ONLY=ON」將建立測試工具和測試項目以外的所有內容。
2022 年 8 月 4 日：安全性更新
由於 NCBI 的安全性更新，SRA Toolkit 2.9.6 及更早版本將不再能夠連接到 NCBI 資料位置服務。我們建議受影響的用戶更新到 SRA 工具包的最新版本。
2022 年 2 月 10 日： SRA 工具包 3.0.0
NCBI 的 SRA 更改了來源建置系統，以在工具包版本 3.0.0 中使用 CMake。這項變更是提高開發人員生產力的重要一步，因為它提供了統一的跨平台存取來支援多個建置系統。此變更會影響從原始程式碼建立 NCBI SRA 工具的開發人員。不再支援舊的 makefile 和建置系統。
此變更還包括 GitHub 儲存庫的結構，該儲存庫經過整合，為建置工具和庫提供更簡單的環境（NGS 庫和依賴項已整合）。 NGS 程式庫和依賴項的整合提供了更好的使用範圍隔離，並使建置更加簡單。
NCBI/NGS
該存儲庫已凍結。所有未來的開發都將在 GitHub 儲存庫 ncbi/sra-tools （此儲存庫）中進行，位於子目錄ngs/下方。
NCBI/NCBI-vdb
該專案的建置系統基於CMake。透過 NGS API 提供對 VDB 格式的 SRA 資料存取的庫已移至 GitHub 儲存庫 ncbi/sra-tools。
| 舊（基本 URL：https://github.com/ncbi/ncbi-vdb） | 新（基本 URL：https://github.com/ncbi/sra-tools） |
|---|---|
libs/ngs | ngs/ncbi/ngs |
libs/ngs-c++ | ngs/ncbi/ngs-c++ |
libs/ngs-jni | ngs/ncbi/ngs-jni |
libs/ngs-py | ngs/ncbi/ngs-py |
libs/vdb-sqlite | libs/vdb-sqlite |
test/ngs-java | test/ngs-java |
test/ngs-python | test/ngs-python |
ncbi/sra-tools（此儲存庫）
該專案的建置系統基於CMake。該項目獲得了一些新組件，如上表所列。
2021 年 10 月 25 日。
修正了 fasta 和 fasta 未排序參數正常工作的錯誤。
2021 年 10 月 7 日。
SRA 資料現在可以提供完整的鹼基品質分數（SRA 標準化格式）或簡化的品質分數（SRA Lite），具體取決於使用者偏好。這兩種格式都可以按需串流傳輸到相同的檔案類型（fastq、sam 等），因此它們都與期望品質分數的現有工作流程和應用程式相容。然而，SRA Lite 格式要小得多，可以減少儲存佔用空間和資料傳輸時間，從而可以更快地完成轉儲。 SRA 工具包預設使用 SRA 標準化格式，其中包括完整的、每個鹼基的品質分數，但不需要完整的鹼基品質分數進行分析的使用者可以要求 SRA Lite 版本，以節省資料傳輸時間。若要在使用 SRA 工具包時請求 SRA Lite 數據，請在工具包配置的主頁上設定「首選具有簡化基本品質分數的 SRA Lite 檔案」選項 - 這將指示工具在可用時優先使用 SRA Lite 格式（請務必使用工具包版本2.11.2或更高版本來存取此功能）。對於給定讀取中的每個鹼基，從 SRA Lite 檔案產生的品質分數將相同（品質 = 30 或 3，取決於讀取過濾器標誌設定為「通過」還是「拒絕」）。具有完整鹼基品質分數的 SRA 標準化格式的資料將繼續具有 .sra 檔案副檔名，而 SRA Lite 檔案具有 .sralite 檔案副檔名。欲了解更多信息，請參閱我們的數據格式頁面。
2021 年 8 月 17 日：SRA 工具包 2.11.1。
2021 年 3 月 15 日：SRA 工具包 2.11.0。
2020 年 12 月 16 日：SRA 工具包 2.10.9。
2020 年 6 月 29 日：SRA 工具包 2.10.8。
2020 年 5 月 20 日：SRA 工具包 2.10.7。
2020 年 5 月 18 日：SRA 工具包 2.10.6。
2020 年 4 月 1 日：SRA 工具包 2.10.5。
2020 年 2 月 26 日：SRA 工具包 2.10.4。
2020 年 2 月 18 日：SRA 工具包 2.10.3。
sra-tools版本 2.10.2 提供對 AWS 和 GCP 環境中 SRA 的所有公共和受控存取 dbGaP的存取（此版本僅適用於 Linux） 。這個龐大檔案的原始提交格式和 SRA 格式的資料都可以在這些雲端上存取和計算，從而無需從 NCBI FTP 下載並提高效能。
除了公共和受控存取 dbGaP 資料的 ETL 資料之外， prefetch工具還會檢索原始提交文件。
在sra-tools 2.10.0 版本中，我們新增了適用於 AWS 和 GCP 環境的雲端原生操作（此版本僅適用於 Linux） ，以便與公用 SRA 一起使用。 prefetch除了 ETL 資料之外，還能夠檢索原始提交文件。
在sra-tools 2.9.1 版本中，我們終於推出了fasterq-dump工具，它是更舊的fastq-dump工具的替代品。顧名思義，它運行速度更快，更適合將 SRA 物件大規模轉換為 FASTQ 文件，這些文件在具有足夠磁碟空間用於臨時文件的網站上很常見。 fasterq-dump是多執行緒的，與fastq-dump相比，它以提高效能的方式執行批次聯接，fastq-dump 在每筆記錄的基礎上執行聯結（並且是單執行緒的） 。
fastq-dump仍然受支持，因為它比fasterq-dump處理更多的極端情況，但將來可能會被棄用。
您可以在我們的 Wiki 中獲取有關fasterq-dump的更多資訊：https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/HowTo:-fasterq-dump。
有關使用、配置和建立工具包的更多信息，請訪問我們的 wiki 或 NCBI 網站
SRA 工具包開發團隊
